植物内生菌(Endophyte)是一定阶段或全部阶段生活于健康植物的组织和器官内部的真菌或细菌。内生菌是植物组织内的正常菌群，包括了互惠共利的和中性的共生细菌，它们的存在不会使植物出现可见的伤害或功能的改变。内生细菌普遍存在于高等植物中，木本、草本植物，单子叶植物和双子叶植物内均发现有内生细菌。不仅如此，植物内生细菌还呈现出丰富的生物多样性，包括革兰氏阳性菌与革兰氏阴性菌。在长期的进化过程中，内生细菌与宿主植物形成了互利共生的关系：一方面，植物通过光合作用的产物为内生菌提供营养。另一方面，内生菌的代谢产物包括一些抗菌、促生的活性物质，能够促进植物生长发育，提高植物抗逆境、抗胁迫、抗病害的能力。近年来，重金属超积累植物的内生细菌引起了国内外研究者的广泛关注，研究者陆续从超积累植物中分离和纯化具有抗多种金属的、促植物生长特征的内生细菌，盆栽实验证明这些功能菌可以强化植物修复重金属污染土壤。