根肿病（Clubrootdisease）是十字花科作物的主要病害之一。人们对芸薹种种质资源的CR基因进行了挖掘,并开展了抗根肿病连锁分子标记辅助育种研究。目前萝卜抗根肿病的研究以及开发的分子标记很少,对根肿病的抗性遗传规律还不明确。利用F2代作图群体,并通过对F2:3家系的抗病性鉴定初步定位了5个与萝卜抗根肿病相关的QTL,即RsCr1、RsCr2、RsCr3、RsCr4和RsCr5。根据萝卜参考基因组信息和定位结果,挖掘区间内的候选基因,利用CLC Main Workbench 7.7.1分析比对候选基因的重测序结果;利用NCBI中的OpenReadingFrameFinder工具预测候选基因的CDS序列和氨基酸序列,再利用NCBI中的CD-search预测结构类型,结合基因结构特征在定位的区间内筛选出最终的抗病基因。在定位区间内挖掘出来的抗病基因所在物理位置上下游各200 bp的区间内开发标记,并筛选在双亲间具有多态性的标记,利用多态性标记鉴定F2作图群体的基因型,结合F2:3家系的表型鉴定结果,确定与抗根肿病性状连锁的分子标记。在5个定位区间内,通过与参考基因组比对分析以及进行基因KEGG和KOGclass注释分析,共挖掘到38个与抗病性相关的基因。含有LRR结构类型的抗病基因共有15个,其中有1个基因为NBS-LRR类型,其它基因功能注释为抗病（disease resistance）。根据抗病基因所在区间的标记序列共获得20对SSR标记。用20对SSR标记筛选抗病亲本、感病亲本和F1,筛选出具有多态性的标记共5对。利用5对SSR标记筛选F2作图群体130个单株的DNA样本,结合表型鉴定结果,获得一个可用于分子标记辅助育种的SSR标记,该标记为fold929464806。