【摘 要】
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从(http： //www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)网站下载Aspergillus niger ATCC 1015菌株全基因组序列(ACJE00000000).利用GRAMENE网站(http：//www.gramene.org/db/markers/s
【机 构】
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中国热带农业科学院环境与植物保护研究所,农业部热带农林有害生物入侵检测与控制重点开放实验室,海口 571101
【出 处】
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中国植物保护学会第十一次全国会员代表大会暨2013年学术年会
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从(http： //www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)网站下载Aspergillus niger ATCC 1015菌株全基因组序列(ACJE00000000).利用GRAMENE网站(http：//www.gramene.org/db/markers/ssrtool)提供的SSR鉴定工具SSRIT (Simple Sequence Repeat Identification Tool),并按SSR鉴定标准为含有2～10个碱基重复、碱基数在18bp以上的SSR基元,也即含2、3、4、5、6、7、8、9和10核苷酸基元SSR的最小重复数分别为9,6,5,3、3、3、2和2次进行SSR鉴定.结果从A.niger ATCC 1015全基因组中,共发现3 665个2 ～10碱基SSR,其中含9个碱基重复基元类型最多,共有1 305个,占所鉴定SSR总数的35.6％.其次为6个碱基重复基元类型,共有622个,总SSR总数的16.97％；接着为3个碱基重复类型,共有547个,占14.92％.从搜索出来的SSR中,选择含有SSR的合适区段,从中设计了36对引物,对17个剑麻茎腐病菌菌株基因组DNA进行了PCR检测,最终所开发的引物全部能从剑麻茎腐病菌基因组DNA中有效扩增.由此表明,黑曲霉ATCC 1015菌株基因组SSR在剑麻茎腐病菌基因组中具有通用性.这为研究剑麻茎腐病菌遗传变异、遗传多样性、进化以及功能基因的定位和克隆等提供了大量的分子标记.
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