利用来源于中国长江和黄河流域棉花区域试验的16份杂交棉材料构建的混选混交后代群体M3S2F5和M3S2F5∶6,对已报道的39个与棉花抗黄萎病性状QTL相关或连锁的分子标记进行了辅助选择验证。结果表明,39个标记中仅有12个标记在群体中呈多态性;19个标记在群体中无多态;8个标记在群体中无条带。5个多态性标记BNL3241、NAU1225、NAU1230、JESPR153和BNL3031至少在一个群体中的aa/AA标记基因型个体病级差异达显著或极显著水平,它们可以有效应用于目标性状的标记辅助选择。其中,JESPR153和BNL3031同时在M3S2F5和M3S2F5∶6群体中aa/AA标记基因型个体的病级差异达显著水平或极显著水平,说明它们的选择效应能够在不同群体、不同世代间稳定遗传,在标记辅助选择中应优先考虑。两侧标记对单位点QTL的辅助选择效果优于单侧标记。配置合理的标记组合可以显著提高目标性状的选择效率。利用多个标记进行多位点QTL辅助聚合选择时,选择效果随着聚合标记个数的增多而越来越好,并没有因不同QTL或遗传背景间可能存在的互作而受到影响。