新竹科学园区成长快速，产生可观的经济效益，但长期来其对所在都市的社会及环境也造成了重大的冲击，引起社会大众的注意，政府相关单位也提出了许多改善的策略，以减少冲击。本文从新竹市的地理结构与历史发展等因素，分析新竹市地方的保守特性，到科学园区开发后，吸引第三波的就业移民，促成新竹市结构性的改变。新竹市此种地方发展特色的转变，形成高科技聚落的竹科，从创立到陆续开发的时程中，不断的与地方产生互动，导致新竹市地方发展与竹科园区开发间产生了些微变化，例如交通紊乱、环境污染、社会分化等都市问题，造成科学园区经济发展与地方政府永续发展之间的冲突与矛盾，也背离「绿色硅岛」的政策与意涵。本研究依据系统工程的理论将新竹市视为一个系统以系统分析的方法利用专家调查法，建构新竹市永续发展指标体系，从永续发展的角度，模拟新竹市未来合理的经营与管理策略。研究结果显示，科学园区高科技产业之发展为带动地方整体发展之关键，惟在以产业经济为发展主轴的同时，亦须注意社会与环境面向之问题。因此，未来应在不超限发展的原则下，朝园区产业高值化的方向努力，将园区产业对地方环境的污染与破坏降至最低，并尽量降低自然资源的消耗、减少环境污染、解决社会问题，以达永续发展的理想，进而实现绿色硅岛之目标。