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猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起的一种高度接触性肠道传染病,为调查中国PEDV的流行现状及遗传进化情况,2015年在中国东北、华北、西北、西南、华中、华东和华南七个地区的41个猪场采集165份PEDV阳性病料.利用RT-PCR方法对PEDV的ORF3和51基因进行扩增，并对其进行遗传进化分析。其中41个ORF3基因和29个51基因测序成功。系统进化树分析显示，本试验鉴定的PEDV毒株属于non S-INDEL型毒株并呈现遗传多样性;与经典毒株CV777相比，HLJ2015/DP1-1毒株的51基因在1130-1141位之间缺失12个核苷酸。尽管，已经明确PEDV5蛋白插入突变、缺失突变和点突变是PEDV致病性改变的主要原因，但仍不能解释PEDV变异毒株与经典毒株差异的共性规律。因此，本研究能更好的诠释中国PEDV遗传变异和致病机制，阐明该问题将有利于PEDV遗传变异和致病机理的深入了解。