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利用ISSR分析标记技术对黑龙江地区黑木耳主栽品种进行了鉴别，结果表明在选用的8个引物中，有7个引物可以对供试的34个黑木耳菌株进行扩增，获得的指纹图谱清晰稳定、多态性强。用NTSYS软件进行聚类分析，相似水平为0.69时，可将供试的34个黑木耳菌株分为三个组群。研究结果表明ISSR分子标记，可以有效地用于黑木耳生产菌种快速准确鉴别。