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用AFLP技术，选择EcoRI/MesI这一酶切组合，应用18对EcoRI+3/MesI+3引物组合进行选择性扩增，检测了10个马蔺种群的基因组DNA多态性。共扩增出1164个遗传位点，其中752个多态位点，多态率为65.11％。并通过Jaccard的方法将电泳带矩阵转化为遗传相似性系数矩阵，进行了UPGMA聚类分析。结果表明：当取阈值为0.74时，可以将10个种群分为四大类群。第一类，长春马蔺与其它种源的亲缘关系较远，单独聚为一类；宁夏固原、甘肃民勤、武威、北京、山东泰山5个种群亲缘关系较近，聚为一类；内蒙古太仆寺和西乌旗、新疆乌鲁木齐聚为一类；河北涿州马蔺种群单独聚为一类。马蔺群体间的亲缘关系远近与其所处的地理位置有很大的关系，尤其与纬度因子的关系十分密切。