【摘 要】
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采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)方法,从牙鲆中克隆到1182bp的MHCⅡB全长cDNA序列.该序列包括741bp的开放阅读框(0RF),33bp的5末端非编码区(UTR)以及407bp的3末端非编码区.
【机 构】
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中国水产科学研究院黄海水产研究所,青岛,266071
【出 处】
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国家“863”计划资源环境技术领域第三届海洋生物高技术论坛
论文部分内容阅读
采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)方法,从牙鲆中克隆到1182bp的MHCⅡB全长cDNA序列.该序列包括741bp的开放阅读框(0RF),33bp的5末端非编码区(UTR)以及407bp的3末端非编码区.序列比对表明牙鲆与丽鱼、真鲷、鲈鱼MHCⅡB的氨基酸序列具有较高的同源性;而与虹鳟、大西洋鲑、鲤鱼、斑马鱼的同源性较低,与人、鼠和鲨鱼MHCⅡB的同源性最低.组织表达研究表明,牙鲆MHCⅡB在正常牙鲆组织中为构成型表达,但表达量在各个组织中不同,其中在鳃、肝、心脏、血、脾和头肾中的表达量较高,在肾、皮肤、性腺和肌肉中表达中等,在脑中表达量最低.用fMHCⅡBN1和fMHCⅡBC1引物对分别从42个感病个体和42个抗病个体的基因组DNA中扩增,扩增产物长度为268/280bp.在268/280bp的核苷酸序列中,有32(11.4﹪)个核苷酸位点是多态的.分析84个个体的411个克隆的测序结果,发现有13个不同的MHCclassⅡβ等位基因,并且分别编码13个不同的氨基酸序列.其中大部分等位基因如a,b,c,d,e,f,j,k,i,m是两个群体共有的,其中等位基因d在感病群体中出现的频率显著高于抗病群体中出现的频率.而等位基因g和h只出现在抗病个体中,其频率分别为21.4﹪和9.52﹪;等位基因l只出现在感病群体中,其频率为19.05﹪.对核苷酸替代的类型及位点进行分析,发现非多态结合位点的非同义碱基替代率与同义碱基替代率(dN/dS)(0.523)远远小于多肽结合位点的(dN/dS)(23.091),由此造成的氨基酸替换集中出现在多态结合位点上.
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