苹果蠹蛾Cydia pomonella (L.)是世界各国高度关注、严重危害仁果类水果生产的外来有害生物.该虫自上世纪50年代在我国新疆地区首次报道以来，逐渐向我国苹果优势产区逼近，严重威胁我国苹果主产区的水果生产安全.本研究利用8个微卫星位点和3个线粒体基因对采自我国主要疫区新疆、甘肃和黑龙江，以及9个其他国家的苹果蠹蛾种群的遗传多样性和入侵来源进行分析.结果显示，在我国苹果蠹蛾种群中，黑龙江种群具有最高的遗传多样性和较多的独有单倍型，而且与欧洲种群具有相同的遗传结构.伊犁河谷地区的三个种群在西北种群中具有较高的遗传多样性与相似的遗传结构；和黑龙江种群相比，甘肃种群和新疆种群具有相似的遗传多样性和遗传结构，且共有更多的线粒体基因单倍型；结合伊犁河谷地区种群较高的遗传多样性及其特殊的地理位置，分析认为，苹果蠹蛾最初从该地入侵到新疆，之后扩散至新疆全境及甘肃等地区.我国东北和西北种群与欧洲种群之间有3个线粒体基因共享单倍型，由于欧洲是苹果蠹蛾的起源地，推测我国疫区苹果蠹蛾种群最初可能起源于欧洲，而东北种群可能来源于多重入侵或邻近的俄罗斯远东地区.两种分子标记的方差分析皆显示，新疆、甘肃、黑龙江种群存在低水平但显著的遗传分化，说明种群间存在有限的基因交流；种群间地理距离与遗传距离不存在显著相关性，表明人为协助的扩散在种群分化中可能起到了重要作用.