基于荧光探针熔解分析技术建立一种新的β-地贫快速基因分型方法及其多中心临床应用评价

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目前,越来越多的由基因突变引起的遗传性疾病被报道,因此对已知突变的检测已成了临床遗传病分析的重要手段,但目前在临床还缺乏一种简便快捷、实用的基因分型技术。实时PCR的广泛应用致使应用PCR技术对已知突变进行基因分型越来越普遍,而多色荧光检测和Tm多重分析则是实现实时PCR多靶点检测的有力工具。在本研究中,我们以β-地中海贫血为研究靶点,设计和研究开发了一种快速、简便、经济的基于荧光探针熔解分析技术快速基因分型方法,并通过多中心临床应用对该技术进行了评估。在实验设计中,我们以改良分子信标探针作为用于熔解曲线分析的荧光探针,根据中国常见β-地中海贫血(简称β-地贫)突变发生频率,以中国常见的24种β珠蛋白基因突变为检测对象,建立了两管多重多色突变检测体系,在荧光PCR平台上只需进行一步反应即可实现对中国常见24种β-地贫突变的检测和基因分型。通过6家临床单位收集的1022份已明确基因分型的DNA样本,其中包括野生型样本113份,β-地贫杂合子样本733份、纯合子样本54份、复合杂合子样本122份,通过双盲对比试验,分别用新方法与RDB以及DNA测序对1022份样本进行了检测,同时对该方法的灵敏度及重复性进行了验证。结果表明该检测方法重复性达100%,对基因组DNA的检测灵敏度最低可达10pg。在对1022份样本的双盲实验中,可对所有样能进行准确的基因分型,灵敏性和特异性都达到100%,与对照方法的检测符合率达99.4%。同时,对该方法与传统的RDB或者DNA测序进行了成本和检测时间的比较,该新方法可大大降低检测成本及检测时间。研究结果证实该方法是一种高通量、准确、简便和经济实用的检测技术,可适用于β-地贫的临床基因分型以及人群筛查,同时该技术也可推广应用于其它遗传病已知突变的分析。
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