为进一步了解大莲湖生态系统恢复情况，掌握大莲湖水质的变化趋势，更好的评估生态修复措施的效果，以及为将来大莲湖生态修复区的可持续发展提供原始数据资料，2011年7月至2012年6月期间，上海市野生动植物保护站委托中国水产科学研究院渔业机械仪器研究所对生态修复区进行了水质理化指标的监测。从一年的监测数据来看，大莲湖生态修复措施得到了较好的成果，生态修复湖区各项水质指标明显好于周边鱼塘和藕塘；并且与进水口，河道相比，生态修复湖区因面积大，自净能力强，水质也好于进水口和河道。水体中的总氮、总磷和COD主要通过水体的水生植物生长吸收和浮游植物的光合作用吸收，水体的氨氮、亚硝态氮主要通过水体的光合细菌、硝化反硝化菌等细菌的作用吸收。生态修复措施为大莲湖生态修复区内的水生植物、浮游植物以及一些净水细菌提供了较好的生存环境，因此，大莲湖生态修复区的水质指标明显好于周边鱼塘、藕塘、进水口的水体；此外，一个大的疏通的水体相对于一个小的封闭的水体具体更好水体交换作用，风力，光照等外界因素可以更好地作用于水体，使得水体中的溶氧达到饱和值，有利于水中的浮游动植物的生长，间接的产生净化作用。鱼是水体中的主要消费者，也是水体生态链的主角，鱼的生长活动会消耗水体的浮游动植物，从而抑制水体浮游动植物过度生长，防止水华；并且，鱼类的生长活动可以促进水体的营养盐的循环，加速水体的净化作用，从而实现生态系统的稳定。从监测数据的结果来看，大莲湖生态系统已基本稳定。大莲湖生态修复湖区部分指标达到国家二类水质标准，部分指标还达不到三类标准，这说明生态系统的稳定是一个长期的过程，生态修复措施要想达到一个理想的效果还需要长时间的管理。大莲湖生态修复区浮游植物的种类多样性要明显高于外河水，这说明大莲湖生态修复区浮游植物呈现多样化。监测结果显示，大莲湖生态修复区浮游植物密度在监测初期高于进水口，在监测后期生态修复区浮游植物密度低于进水口。这表明大莲湖生态修复区浮游植物密度有逐渐下降的趋势。进水口浮游植物密度较低，主要是由于受外源水的影响较大，而生态修复区浮游植物密度从夏季到冬季逐渐下降，则说明生态修复区生态系统逐渐稳定。在实际调查取样过程中发现，大莲湖生态修复区水体的透明度较高，水质良好，水体颜色呈绿豆青。