网络药理学突破了"一个药物，一个靶标，一种疾病"的传统理念，代表了现代生物医药研究全新的哲学理念与研究模式，对系统水平上药物作用机制的阐明、药物重定位和多靶点药物的研发具有极大促进作用。其常用的研究思路是根据公共数据库、公开发表的已有数据和组学、高通量/高内涵、双高通量基因表达检测及分子相互作用等实验技术获取的数据，利用分子网络技术分别构建药物作用网络(药物-药物网络、药物-靶点网络、靶点-靶点网络等)和疾病生物网络(疾病-疾病网络、疾病-基因网络、基因调控网络、蛋白互作网络、信号转导网络、代谢网络等)预测模型，整合药物作用网络与生物网络，通过网络拓扑学和动力学方法分析药物-靶点-疾病网络中药物与疾病的相互作用关系，对网络模型进行重要的靶点组合、通路组合、子网组合、药物组合等的识别及药物作用靶标或疾病基因的预测，最终对预测的结果进行实验验证。