科学研究是高等学校的重要职能之一，也是培养高级专门人才的重要途径。作为生产知识、发展科技的核心力量，高校在建设创新型国家中发挥着巨大的作用。高校科研治理机制影响着科研参与主体的行为和高校科技创新的效率。因此，有效的高校科研治理机制的构建、合理的权利划分以及完善的激励约束机制的建立，是保障科研参与主体权利、提高科研效率以及加快知识创新的根本途径。　　目前我国高校科研治理机制中存在很多问题，比如:行政权力在科研活动的管理中占据支配地位，缺乏有效的激励和约束机制，学术不端行为有所增加。将行政管理机制延伸于高校科研活动的治理之中，教师从事科研的学术自由受到行政权力的制约，会影响教师科研创新的积极性，造成科研效率低下的严重问题。本文以新制度经济学理论为基础，运用产权理论、资产专用性理论以及激励-约束理论来分析在现存科研治理机制下参与主体的行为。参照国外科研治理中的一些经验，本文为我国高校科研治理机制提供合理的路径选择依据，并建议通过科研治理机制的改革来激发教师的科研热情、提高高校科研效率。