随着人类基因组测序的完成，生命科学进入了后基因组时代。蛋白质组学是后基因组时代的重要研究领域之一。在蛋白质组学的研究中，蛋白质鉴定是最为关键的环节。随着质谱技术的飞速发展，人们已经能在短时间内得到海量的质谱数据，如何从这些海量的数据中提取有用的信息，进行蛋白质的有效鉴定一直是蛋白质组学研究的一大难点。目前基于串联质谱和蛋白质序列数据库搜索的鉴定方法，凭借其快速准确的特点，已成为蛋白质鉴定的主要手段。 本文在充分研究目前国际上蛋白质鉴定常用算法的基础上，采用相对熵的打分算法，并进行了一定的改进，采用C＃语言设计并开发了属于我们自己的蛋白质鉴定系统。该系统具有三个功能不同的模块，利用PI软件得到模拟裂解的理论质谱数据库，并提取相应的蛋白和多肽的信息，再读入特定格式的实验质谱数据文件进行适当的处理，将处理后的实验数据和理论数据通过相对熵算法进行匹配打分，给出最后的鉴定结果。 为了验证蛋白质鉴定系统的打分效果，本文利用多组理论的串联质谱数据对其进行了实效检验，并分析了改变二级质谱质荷比值和相对强度值、谱缺失等因素对打分结果的影响。还利用蛋白质鉴定系统对BSA标准蛋白实验数据集进行了鉴定搜索，并与Mascot软件鉴定得到的结果进行了比较，发现我们的系统鉴定出了Mascot未能识别的8条有意义的匹配蛋白，最后利用十八蛋白实验数据集进行测试，证明了本研究的系统对于多蛋白的鉴定也有着比较好的效果。