在后金融危机时代，传统的增长模式难以为继，产业创新成为了中国政府的必然选择。国务院在2010年出台战略新兴产业发展规划，提出了扶持和培育节能环保、新一代信息技术、生物、高端装备制造、新能源、新材料、新能源汽车等七大产业作为战略性新兴产业的国家战略。目前政府扶持战略性新兴产业发展的主要方式是创新补贴。我国政府对战略性新兴产业的补贴金额巨大，但缺少对该类补贴绩效的系统研究。本文首先回顾了战略新兴产业创新及补贴的相关理论研究，然后选择了对战略性新兴产业具有很好代表性的中小板和创业板市场作为研究样本来源，通过手工方式从上市公司非指定公开披露信息如招股说明书、定期报告、日常信息披露资料以及公司网站等搜集整理出满足创新建模需要的自2010年~2012年连续三年的创新投入产出系统数据。其次，构建了包含政府创新补贴和外溢效应的超越对数生产函数模型，并辅以份额函数方程组，应用迭代3阶段最小二乘法（IT3SLS）对我国政府自2010年以来关于战略性新兴产业创新补贴的绩效进行实证研究。最后，将七大战略新兴产业公司分为制造业和服务业分别计算产出弹性，对比分析。本文发现：（1）政府对战略性新兴创新补贴对公司的产出和创新的外溢效应都是显著的；（2）政府补贴的产出弹性系数远小于外溢效应产出的弹性系数，表明政府创新补贴对单个企业本身产出绩效作用并不大；（3）通过对制造业和服务业的产出弹性对比分析发现，制造业公司创新补贴的产出弹性和外溢效应产出弹性均高于服务业公司，表明政府创新补贴在制造业公司中拥有更好的效率。