果蝇科(Drosophilidae)隶属于昆虫纲(Insecta)、双翅目(Diptera),是一个广泛分布且包含种类繁多的类群。许多果蝇科昆虫由于在形态、生态及其它生活史特征上的明显分化而被广泛应用于生命科学研究的各个领域。而为了更好地理解生物模式和过程,生物学家们越来越喜欢用比较生物学方法展开相关研究。因此,构建果蝇科系统发育关系将可为此提供一个有用的背景框架。此外,果蝇科昆虫的寄主范围广,不少种类会造成严重的经济损失。果蝇科物种身份的快速鉴定及相关害虫种类的防治需要强有力的工具手段。本研究通过对前人发表的高通量测序数据进行二次挖掘,组装并注释了一批果蝇种类的线粒体基因组,构建了系统发育关系,探讨了不同分类水平上果蝇科昆虫的分类框架,并在此基础上进一步探讨线粒.体基因组结构进化。主要研究结果总结如下:(1)通过数据挖掘共组装并注释了 50种果蝇的52条线粒体基因组序列,包括34条完整线粒体基因组序列(对应32个种)和18条非全长序列(控制区不完整;对应18个种)。(2)与大多数其它动物一样,果蝇线粒体基因组编码37个基因,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA和2个rRNA基因。此外,还包含1个A+T富集的非编码控制区;基因排列很保守,但不同种间基因组长度变化幅度较大,这主要与控制区(及其它非编码基因间隔序列)的长度变化直接相关。(3)基于贝叶斯法和最大似然法的系统发育分析结果很好地支持了果蝇科昆虫在亚科及种组水平的当前分类观点,但在属、亚属及亚种组水平上则存在不同程度的不一致情况,特别是在果蝇属(Drosophila)分类及与同亚科其它属的关系问题上,需要做进一步的深入研究。