高新技术企业是我国发展高新技术的主体。由于高新技术企业的自身特点，以及他们在运作过程中存在高风险、高竞争、高收益、高变化的特征，加之不断变化的技术环境、经济环境，因此，高新技术企业会不断的遇到或大或小的企业危机。为了避免或减轻这些企业危机给企业带来的打击，就需要我们及时地通过组织创新调整组织中的部门和组织结构、重整组织的流程、改进组织的目标，整合组织中的资源，提高资源的利用效率，从而更快的提高企业的适应能力、竞争能力。本文基于经济学、管理学领域中以高新技术企业、组织创新为中心的相关理论或学说，阐述了高新技术企业组织创新的目标、内容。在此基础上，借鉴热力学中熵理论与耗散结构理论，分析了企业进行组织创新的机理，找出高新技术企业应该进行组织创新的创新时点，为企业进行组织创新提供了必要的理论支持。其次，本文从组织创新的动力源入手，分析了高新技术企业组织创新的动力、阻力，并借鉴物理学中势能与动能的概念提出组织创新的势能与动能，势能积累的过程与结果将直接作用于动能，而企业正确的引导并释放动能，则直接影响企业组织创新的效果与效率。最后，借鉴系统动力学理论，建立高新技术企业组织创新的系统动力学模型，并进行实证分析，验证了模型的合理性与可用性。并利用模型分析三个主要的创新内容对企业绩效的影响，为企业进行组织创新策略的做出提供一个依据。