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品种资源是畜牧业持续发展的基础。目前草食家畜在畜牧业中的地位越来越重要,我国是世界上山羊、黄牛品种资源最为丰富的国家之一。但是一方面我们对我国山羊、黄牛品种资源的起源、迁移、演化、种群遗传状态等系统发育信息、了解甚少。另一方面,在注重竞争与效益的市场经济体制下,受到外来高产高经济效益山羊、黄牛品种的强烈冲击,我国已出现带有全局性的山羊、黄牛品种资源危机。对家畜遗传多样性的研究有助于做好品种资源的保护和利用。 线粒体DNA测序是目前家畜分子进化和遗传多样性检测的最可靠和最常用分子标记之一。因此,本研究测定我国13个山羊品种183个样品的线粒体DNA的D-loop区全序列和贵州省4个黄牛品种82个样品的线粒体DNA D-loop区全序列,结合GenBank上所有中国黄牛资料,共33个品种324条线粒体DNA D-loop全序列进行分析,以期了解我国山羊和黄牛的系统发育关系并以此作为品种资源保护、利用的客观依据。本研究所得结论如下: 1.中国13个山羊品种183个个体mtDNA D-loop区全序列长度为1212bp或1213bp,界定了135种单倍型,144个多态位点;13个山羊品种单倍型多样度为0.9333～1.0000,核苷酸多样度为0.6337%～2.5194%,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。 2.根据mtDNA单倍型的系统发育分析和网络分析表明,中国山羊主要存在支系A和支系B2大母系起源,出现的频率分别为76.50%和20.77%;在西藏山羊中还观察到支系C和支系D,出现的频率很低,仅为1.64%和1.09%。 3.本研究发现中国不同地理区域的13个山羊品种间存在广泛的单倍型共享。通过AMOVA分析发现整个品种内的变异占92.13%,品种间的变异仅为7.87%,揭示中国山羊品种间不存在显著的地理结构差异。 4.中国山羊中支系B的单倍型间平均不配对差异观察值和核苷酸多样度为6.22±3.20和0.01111±0.0064,明显高于由印度、巴基斯坦、蒙古、马来西亚和老挝等国家组成的混合群体值4.11±2.20和0.0082±0.0049。首次表明山羊支系B很可能起源于中国。 5.首次对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910 bp进行