抽穗期是水稻重要的农艺性状，它直接决定一个品种的地域适应性和季节适应性，对品种的高产稳产起着重要的作用，是重要的育种目标之一。水稻抽穗期受主效基因和微效多基因控制，而这些基因之间都存在互作，使得抽穗期的遗传研究变得比较复杂。单片段代换系(Single Segment Substitution lines, SSSLs)的基因组内都只有来自供体亲本的一个纯合染色体片段，而基因组的其余部分与受体亲本相同，是进行基因定位、克隆和功能研究的理想材料，同是又是不受时间地点限制的永久性实验材料。本研究利用带有早熟基因OsMADS50座位的单片段代换系(W23-3-8-9-27-82)和两个双片段聚合系(W08-16-3-2/W12-28-58-3-19-1和W08-16-3-2/W32-59-80-02-11-1-8)分别与受体亲本HJX74回交所得到F2分离群体进行了抽穗期表型变异及候选基因的等位基因变异的分析，并利用半定量和定量PCR对候选基因及其它相关抽穗期基因进行表达分析。发现结果如下：　　 ⑴对HJX74×W23-3-8-9-27-82的F2分离群体研究：在2009年旱季及晚季分种植该群体，两季分别获得234及150个植株。在早季种植的材料中，177株（隐性纯合基因型及杂合基因型）表现为早抽穗，而57株（显性纯合基因型）表现为迟抽穗。对分子标记PSM908的基因型作方差分析发现x2(1:2:1)=0.97＜x20.05，2=5.99，表明符合1:2:1的分离比例。在2009晚季种植的材料中，112株表现为早抽穗而38株表现为迟抽穗，对分子标记PSM908的基因型作方差分析发现x2(1:2:1)=1.80＜x20.05，2=5.99，表明符合1:2:1的分离比例。W23-3-8-9-27-82含有来自Lemont的OsMADS50基因而其遗传背景则与HJX74相同。在OsMADS50基因位置上下游发展了PSM902、PSM878、PSM881、PSM882、PSM883等分子标记及序列特异性标记，方差分析及连锁作图分析表明这些标记与抽穗期表型完全链锁，证明早抽穗表型是由OsMADS50基因控制。　　 ⑵对HJX74×W08-16-3-2/W12-28-58-3-19-1的F2分离群体研究：在2009年晚季种植该群体分别获得156个植株，其中134株表现为早抽穗，而32株表现为迟抽穗。对分子标记PSM908的基因型作方差分析发现x2(1:2:1)=2.8＜x20.05,2=5.99，表明符合1:2:1的分离比例。W08-16-3-2含有来自于IR64的OsMADS50基因。在OsMADS50基因位置上下游发展了PSM909 and PSM910等分子标记，方差分析及连锁作图分析表明该双片段聚合系早抽穗表型同样受OsMADS50基因的控制　　 ⑶对HJX74×W08-16-3-2/W32-59-80-02-11-1-8的F2分离群体研究：在2009年晚季种植该群体分别获得149个植株，其中106株表现为早抽穗，而43株表现为迟抽穗。对分子标记PSM908的基因型作方差分析发现x2(1:2:1)=1.20＜x20.05,2=5.99，表明符合1:2:1的分离比例。W08-16-3-2含有来自于IR64的OsMADS50基因。在OsMADS50基因位置上下游发展了几个新的分子标记，方差分析及连锁作图分析表明该双片段聚合系早抽穗表型同样受OsMADS50基因的控制。　　 ⑷通过不同的遗传群体进行研究，对3个OsMADS50基因进行了等位基因分析。W23-3-8-9-27-82和W08-16-3-2分别含有来自Lemont和IR64的OsMADS50等位基因。HJX74×W23-3-8-9-27-82的抽穗期比HJX74×W08-16-3-2/W32-59-80-02-11-1-8及HJX74×W08-16-3-2/W12-28-58-3-19-1这两个F2群体的抽穗期早，表明来源不同的OsMADS50等位基因之间存在差异。这三个OsMADS50等位基因影响抽穗的从早到晚先后顺序为：Lemont、IR64、HJX74。　　 ⑸2009年晚季及2010年晚季半定量及定量RT-PCR分析表明，W23-3-8-9-27-82中OsMADS50的表达最强，W08-16-3-2次之，HJX74最弱。它们的抽穗期分别为63.55士3.43天、66.68±1.77天和70.30士2.60天。OsMADS50的下游基因（如Ehd1、Hd3a及RFT1等）也随之具有相似的表达情况，因此为W23-3-8-9-27-82、W08-16-3-2和HJX74提供了遗传鉴定，同时也推断这些SSSL的早熟是由OsMADS50基因所控制。