论文部分内容阅读
JARID1C是一个位于性染色体上的功能基因，它能在人和小鼠的失活X染色体上发生逃逸而具有活性。JARID1C编码的蛋白是高度保守的ARID家族的成员之一，参与组蛋白修饰、染色质重塑和转录调控。最新的研究表明，JARID1C蛋白对人脑的正常发育和功能维持具有重要作用。对JARID1C基因的克隆测序和初步分析，可以为研究猪的JARID1C基因的生物学功能和品种改良提供基础的基因信息，也为研究人的脑部疾病建立动物试验模型提供医学参考。本文采用电子克隆的方法，结合RT-PCR和RACE技术，获得了猪JARID1C基因的cDNA全序列。利用生物信息学方法预测了该蛋白的结构和功能，并进行了同源序列多重比对和分子系统发生分析。利用实时荧光定量(Real-time)PCR技术分析了猪JARID1C基因的mRNA在不同组织的相对表达水平。1 JARID1C基因的克隆测序用人的JARID1C基因的cDNA全序列作为电子探针，分别从NCBI的dbEST和UniGene数据库钓取了共20条猪的EST序列，将其输入DNAstar-SeqMan程序，最后拼接出2个重叠群(Contig)序列。在此基础上，利用Olig06.0软件手动设计引物，借助RT-PCR和RACE技术一方面验证了电子克隆的正确性；另一方面扩增出cDNA全序列，长度为5908bp，GenBank登录号为EF139241。2 JARID1C蛋白的生物信息学分析借助生物信息学网络资源和软件，预测出猪JARID1C基因开放阅读框的长度为4548bp，编码1516个氨基酸残基，且两侧分别是522bp的5’UTR和835bp的3’UTR。通过对蛋白序列相似性检索，预测出猪JARID1C蛋白不含有信号肽，不含有跨膜区，定位于细胞核中，而且确定其含有：JmjN，ARID，JmjC，C5HC2，PLU-1和PHD zinc fingerd等多个保守结构域。推测猪JARID1C蛋白是一种核蛋白，具有DNA结合活性，参与染色质修饰和基因转录调控。3 Real-time PCR分析JARID1C基因的组织表达谱采用实时荧光定量PCR技术，按照双标准曲线法，分析了猪JARID1C不同组织中的相对表达水平，结果表明：JARID1C基因在猪的不同组织中广泛表达，但表达水平存在差异。在性腺和脑组织表达水平最高，而在骨骼肌和肺组织表达水平最低，推测JARID1C基因在猪性腺和脑的发育和功能维持过程具有重要作用。