随着城镇化程度的加深，农村集体土地征收成为一种必然现象。然而我国在土地征收过程中出现了一系列的问题，严重影响到社会的稳定发展，由此引起了法学界的广泛关注。我国法学界对农村集体土地征收的研究主要集中在征地补偿费用、补偿方式以及征地权的配置方面，但是一直没有较为妥善的解决方式。本文通过对土地征收中农民权益保障理论依据的分析，探究农民权益保障的法理基础，基于平等、正义原则和生存、发展权的要求，保障被征地农民的合法权益是必须的。我国现行的法律对农村土地征收中农民权益保障方面的规定存在较大的问题，主要体现在农村土地产权界定模糊、所有权权能虚化、征地权设置不合理、公共利益界定模糊、农民的征地补偿权、知情权、参与权和救济权等都得不到合理的保障等方面。这些问题的产生主要是因为农民自身的权利意识淡薄、历史地位受限以及权力制约失衡，权力寻租现象时有发生。笔者通过对德、美两国在土地征收上的相关经验进行介绍和借鉴，进一步提出重构我国农村集体土地征收中农民权益保障的制度。在这一部分，笔者主要分三个部分来进行阐述，在征地前,通过明确农村集体土地产权、合理配置土地征收权和明确界定公共利益三个方面来完善我国的土地征收制度。在征地中，通过征地程序的完善、改革征地补偿制度和完善征地司法程序来保障被征地农民的实体性权益和程序性权益。在征地后，通过建立最低生活保障、医疗保障和养老保障等来保障被征地农民的权益。土地征收中农民权益的保障应该从征地制度、征地补偿、社会保障等各个方面进行完善，才能更好的保障农民在农村集体土地征收中权益不受损害。