伴随广西北部湾区域经济的不断发展,传统行政区划对区域内生产生活要素合理流动与配置的阻碍也日益凸显,地方政府之间的合作往往都陷入“囚徒困境”,区域公共事务治理普遍存在“搭便车”的现象,政府在治理过程中一揽独大,公民、非政府组织很难参与到区域社会公共事务的治理中来。然而,所有这些问题解决的好坏直接关系到了广西北部湾区域经济的可持续发展。本文从复合行政的研究视角,以广西北部湾经济区政府治理作为分析对象,通过研究发现目前广西北部湾经济区政府治理中存在：政府治理过程中难以实现有效合作、生产要素自由流动困难、公民社会发展不成熟、区域公共事务缺乏治理等困难和问题。这些问题将困扰着北部湾经济一体化的进程,本文在复合行政的统筹全局、公平竞争、合作多赢的精神内核指导下,借鉴长三角经济区复合行政的实践经验基础上,探寻解决北部湾一体化过程中政府治理的困境的对策。即政府治理要适应广西北部湾经济一体化发展的要求,应当有效突破传统行政区划的刚性束缚,消除政府政策制度对区域经济发展的消极影响,在各地方政府间构建起适应区域经济发展需要的区域行政体制,为区域经济社会的整体协调发展提供有效的制度安排,实现对广西北部湾经济区区域公共事务的高效治理,最终真正实现从“行政区行政”向“区域行政”的转变,从“政府管理”向“政府治理”的转变。