在经济全球化及国内医疗改革的带动下，国内的药品生产销售行业发展迅猛。受到国外连锁经营成功案例的启发，国内医药销售普遍采用连锁经营模式，且规模不断壮大，市场竞争变得更加激烈。配送是连锁企业实现连锁经营的依托，是连接各网点的桥梁，其效率与精准度关系企业整体经营效益。在这个市场竞争激烈的时期，医药连锁企业想要脱颖而出，提高配送效率势在必行。本文就是以配送路径问题为核心，并结合医药连锁配送的实际特点建模求解。文章中对求解配送路径问题的各种算法的特点进行对比分析，确定求解本文模型采用遗传算法。设计了求解医药配送路径模型的遗传算法，并对基本遗传算法的交叉、变异算子进行改进，以提高了其全局搜索的能力。结合医药配送中客户对收货时间区间要求严格程度不同，提出了软硬时间窗共存下的配送路径问题。并根据不同客户对硬时间窗的灵活要求程度引申出车辆须等待与无需等待两种情况。以某医药连锁公司为算例，采用基本算法和改进遗传算法对无时间窗、单一时间窗与软硬时间窗共存的几种情况最优成本配送方案进行求解。对结果进行分析比较，得到一个较为普遍的规律：最优成本、车辆数（路径数）大致与时间窗要求的严格程度成正比。可以作为实际中配送线路设计安排的参考。根据两算法计算迭代效果以及运算时间的对比分析，得出改进算法在运算效果和运算时间上的实用性。