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鸡白痢是由鸡白痢沙门氏菌引起的各年龄鸡常发的传染病,病源既可水平传播也可经种蛋垂直感染。目前养鸡生产中对该病的防控一般采用投喂抗菌药物治疗,不仅增加了生产成本,也容易带来药物残留等食品安全问题。改良鸡对白痢沙门氏菌的遗传抗性是解决沙门氏菌病防控的方法之一,而发掘与鸡白痢沙门氏菌易感性/抗性相关的分子标记则是其中的基础性工作。本试验是在前人对鸡沙门氏菌病抗性全基因组的SNP定位结果及抗病性候选基因研究的基础上,以麻鸡作为试验材料,选择具有潜在遗传效应的SNP进行小群体多位点筛查实验,对其中具有显著效应的SNP再在同品种的大群体中进行验证,由此鉴定与抗鸡白痢沙门氏菌病密切相关的SNP。 小群体(麻鸡401只,其中阳性个体201只,阴性个体200只)多位点筛查实验采用PCR产物直接测序方法对MHC B-F基因外显子2、3进行突变位点筛查并进行基因分型,同时运用飞行时间质谱分型技术对已报道的对鸡沙门氏菌病抗性具有潜在遗传效应的17个候选SNPs进行基因分型检测。SNP筛查结果显示,在MHC B-F基因外显子2内共发现53个SNPs,其中41个为错义突变,在该序列所编码的88个氨基酸残基中,共发现有32个氨基酸残基发生改变;在MHC B-F基因外显子3内共发现48个SNPs,其中有41个错义突变,该序列所编码的91个氨基酸残基中,共发现有27个氨基酸残基发生改变。在上述118个SNPs中发现有8个SNPs与抗鸡白痢病性状显著相关(P<0.05),分别是:SPOCK1基因rs15001532及MHC B-F基因C.193T>G、C.216G>A、C.283G>A、C.507G>A、C.508A>G、C.513A>T、C.514C>G。 进一步对显著关联的SNPs扩大群体(麻鸡1075只,其中阳性个体527只,阴性个体548只)验证,其中rs15001532位点采用SNaPshot法进行基因分型,MHC B-F基因的7个SNPs采用PCR产物直接测序方法进行基因分型。关联分析结果显示SPOCK1基因rs15001532位点及MHC B-F基因C.513A>T位点与抗鸡白痢病性状显著相关(P<0.05),其关联性被成功验证。 对验证结果具有显著效应的SNPs进行相对危险度检验。结果表明:对于SPOCK1基因rs15001532位点,等位基因G比A的优势比为0.7820,95%置信区间为0.6560-0.9321,表明等位基因G能降低鸡白痢的发病风险,GG+AG基因型比AA基因型的优势比为0.7238,95%置信区间为0.5667-0.9245,表明携带GG纯合子和AG杂合子的两类群体相对于携带AA纯合子的群体其鸡白痢的易感性降低27.62%;对于MHC B-F基因C.513A>T位点,等位基因A比T的优势比为0.7702,95%置信区间为0.6019-0.9855,表明等位基因A能降低鸡白痢的发病风险,AA+AT基因型比TT基因型的优势比为0.7101,95%置信区间为0.5324-0.9470,表明携带AA纯合子和AT杂合子的两类群体相对于携带TT纯合子的群体其鸡白痢的易感性降低28.99%。 本试验鉴定了抗鸡白痢沙门氏菌病的2个易感基因变异位点SPOCK1rs15001532和MHC B-F C.513A>T位点,同时发现SPOCK1基因rs15001532位点携带AA基因型的鸡只和MHC B-F基因C.513A>T位点携带TT基因型的鸡只具有较高的鸡白痢发病风险。