论文以生物信息学理论为基础,利用Phred/Phrap/Consed、cross_match、RepeatMasker、Blast等软件和自主开发程序,基于Linux操作系统,构建了林木EST数据分析系统,完成了从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列的去除、重复序列鉴定、EST序列分类和组装、EST序列功能注释与功能分类以及SSR、SNP的发掘。并通过使用Perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化。在此基础上,对杉木茎段皮层cDNA文库随机测序产生的1440条EST序列进行分析。序列经聚类拼接后,获得526个Unigene,其中161个Contig,365个Singletons。152个已知功能基因按照拟南芥研究中的分类方法,根据其同源物生物学作用或生化功能划分为10类。经过Digital Northern分析,发现了8个丰富表达的基因,主要可以分为两类,一类是与受外界胁迫表达的抗逆性相关基因;另一类是与光合作用相关的基因。利用autossr程序对526个Unigene进行SSR搜索,共在40个Unigene(占全部Unigene的7.60%)中发现了44个候选SSR标记。SSR的重复单元主要是二核苷酸占总数的35%和三核苷酸占总数的62.5%,重复次数为4-9次不等。使用本地BLASTx程序将处理后的EST序列在蛋白质水平上与Cell Wall Navigator database和lignin database这两个本地数据库进行本地化的同源性比较,发现了1个与木质素合成有关的基因和5个与细胞壁组成有关的基因,从而为这些基因的克隆和下一步的表达和功能分析提供了序列依据。利用生物信息学方法分析了杉木CCoAOMT蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水/亲水区、二级结构等蛋白质性质,并同欧洲云杉、拟南芥和水稻的蛋白进行了对比,并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟,同时对模建结果进行了结构质量的分析与检测。结果表明:该蛋白共有255个氨基酸,等电点为5.56,二级结构中α螺旋占37.65%,β折叠片占19.61%,无规卷曲占42.75%。三维结构检测表明此模型的结构符合立体化学规则。