在当代社会，科学技术与社会发展呈现一体化进程，随着高技术的崛起及其产业化，科学技术成为第一生产力，科技投入成为第一投入，科技资源成为社会战略性资源和第一资源，科学技术成为国家提升经济实力和综合国力的决定因素，科学技术成为国家的重要战略目标，于是，国家对科技活动及科技投入进行宏观系统管理，使其以适当的规模、速度和结构发展，满足经济、社会、环境可持续发展以及国家安全的需要，就显得尤其重要。论文围绕科技投入的宏观系统管理进行了理论、方法和应用上的探索，主要研究及创新工作如下:　　1、作者运用系统观点对科学技术系统以及发展演变进行了分析和研究，科学技术的发展明显表现出以下一些特点:(1)科学技术与生产一体化;(2)科学技术日益社会化、国家化甚至国际化，从而进入大科学时期;(3)科学技术在社会运行中的重要作用使其已经成为国家的战略产业。科学技术之所以能够发展壮大、世界各国之所以对科学技术进行巨大的投入，就在于科学技术能够推动社会物质文明、精神文明和政治文明的进步，科学技术作为人类一项重要的社会实践活动，其发展进步也必然依赖于社会对其在人力、物力和财力方面的投入水平。　　2、论文对科学技术活动、科学技术活动测度、科技投入体系等相关概念进行了归纳分析和国内外对比研究，从宏观系统管理经济理论和宏观系统管理系统理论梳理了宏观系统管理的相关理论和管理实践，提出科技投入是由众多的投入主体（企业、政府、国外资金、其它）、众多的科技活动执行主体（企业、研究机构、高等学校等）以及相应的规范所组成的一个庞大、复杂的巨系统，涉及众多部门、众多的利益群体、众多的领域。对于如此复杂的系统问题，引进物理-事理-人理的方法体系作为科技投入宏观管理的理论基础，构建了包括科技投入宏观预测与规划、科技投入宏观协调与控制、科技投入宏观评价与分析的科技投入宏观系统管理的研究框架。　　3、作者从科技投入尤其是R&D投入的总量和结构发展状况出发，系统地分析比较了国内外科技投入及管理现状，总结归纳了美国的多元分散管理模式、日本和韩国的集中协调管理模式、印度的高度计划集中管理模式等典型的科技投入宏观管理模式，分析了中国的科技投入管理模式变化过程，指出中国科技投入及管理方面所存在的问题。　　4、以往中国在科技投入宏观战略研究中往往忽视了预测与规划，导致科技投入从筹集到执行缺少顶层设计，造成总量不足结构失衡的现状。作者采用趋势回归分析法和关联分析法对国家或地区的科技投入总量及其占国内生产总值的比重，政府科技投入在财政支出的比重以及在全部科技投入的比例做出科学的预测和规划;作者采用专家预测及情景预测法对国家或地区的科技投入方向、国家重点科技领域的选择、科技规划与科技计划提供规划依据。其中技术预测又是进行国家重点科技领域选择的前提和基础，国家重点科技领域选择又是制定科技计划的重要内容。　　5、在科技投入系统中存在诸如各领域之间、各地区之间、各活动阶段之间、企业之间、政府不同管理部门之间、政府与企业之间等的资源合理配置问题，而这些不同主体有着不同的利益目标，由于利益主体的多元化、多层次、多目标性就需要从协调与控制两方面进行宏观管理。作者研究了了科技投入宏观协调与控制的原则与内容，并运用WSR等系统方法论对协调与控制活动的复杂性进行了分析，设计了WSR三维分析模型、人理因素分析框架和系统协调机制结构关系;根据科技投入系统的特点，给出了协商对策、冲突协调等科技投入宏观协调模型方法和双层多目标规划、双层分级控制、主从递阶控制等科技投入宏观控制模型方法。作者从经济、法律、行政、计划等方面分析了科技投入宏观协调与控制的多种实施手段。　　6、科技投入宏观评价是正确认识科技投入活动特点和规律，促进科技投入合理发展的重要手段。通过对科技投入相关影响因素进行比较、概括、判断和推理等分析评价，全面正确地认识科技活动的投入、过程和结果的各个方面及其内在联系。作者构建了包括模糊综合评判法、结构解析模型法、区位商法、基尼系数法、指数分类法、关联分析法的综合集成评价模型体系，对科技投入综合性、结构性、均衡性、产出效果、社会影响、高新技术产业发展等方面进行了评价分析，结果的解释和表达新颖清晰。　　7、针对中国在科技投入管理方面存在的问题，提出了包括法律、制度、金融、财税等旨在提高中国科技投入宏观管理水平的一系列政策建议。