RNA病毒基因组的错误倾向复制(error-prone replication)导致了RNA病毒基因组可以快速积累大量突变，产生多种表型不同的基因型。而RNA病毒各亚型内，亚型间甚至种间，病毒与宿主间发生的各种重组和重排事件进一步加剧了RNA病毒的高效率进化和多样性，使RNA病毒的防治变得非常困难。　　 RNA病毒基因组RNA总是形成特定二级结构，其中一些对病毒生存具有关键作用，并且约束着RNA病毒的进化。大规模测序技术产生了海量RNA病毒基因组序列数据，这些数据蕴含了包括RNA二级结构和病毒系统进化历史等在内的丰富的生物学信息。本研究利用生物信息学理论开发各种新工具用于从公共序列数据库中挖掘这些潜在的重要信息，并在此基础上探索RNA二级结构在RNA病毒进化中的作用及其潜在机制，为RNA病毒进化研究提供新的思路。具体围绕以下三方面主题展开研究：　　 1．RNA病毒互补进化和共变化位点的检测。　　 此研究起始于RNA二级结构对病毒互补进化的影响，通过开发相关软件，最终应用于HIV gp120蛋白共变化位点的分析，发现了4个可能与结构功能相关的共变化位点区域。　　 2．RNA病毒的重组分析与重组检测软件的开发。　　 RNA病毒的重组是RNA病毒快速进化的一个重要原因，重组的检测因此具有重要意义。此部分工作依据RNA二级结构开发了一个重组检测软件，并应用Dengue病毒文献报道的重组序列进行了测试，检测到所有重组断点。　　 3．对RNA病毒可能的重组机制的探索。　　 尽管已有许多RNA病毒重组事件的报道，但RNA病毒重组的机制至今还不是很清楚。RNA病毒重组和其基因组二级结构密切相关，因此在这一部分通过各种生物信息学软件分析重组断点附近的RNA二级结构，寻找可能的联系，发现在重组断点附近都有保守二级结构存在，其中一些推测和重组有关。