美丽玉树是万山之宗、江河之源。但是，在长期的发展过程中，有一对矛盾始终困扰着理论界和政府职能部门。一方面，玉树州自然资源丰富但生态脆弱，是“三江源核心区”，其生态地位非常重要，是属于真正“伤不起的地方”；另一方面，玉树州经济社会发展相对滞后，是属于亟待加快发展步伐的地方。经济社会发展与生态保护的矛盾在这里得到了最鲜明、最深刻地体现。然而，玉树州以组建生态畜牧业专业合作社为切入点，经过6年生态畜牧业建设实践摸索，依据资源禀赋，在吸收借鉴青海省部分地区的创建合作社经验的基础上，成功探索实践了股份制、联户制、大户制、代牧制四种合作社运行机制，有力的促进了三江源地区生态环境的改善、畜牧业的增效和牧民的增收，有效破解了经济社会发展和生态保护这一重大历史命题。鉴于这一背景，笔者选择对玉树州生态畜牧业专业合作社进行了研究。本文通过对玉树州六市县200个生态畜牧业专业合作社运行情况进行一线调研，对玉树州生态畜牧业专业合作社发展现状进行了全面的调查分析，在此基础上，对当前玉树州生态畜牧业专业合作社四种运行机制进行了结构和绩效比较，笔者得出，联户制、股份制优于大户制、代牧制，但是这四种运行机制，是一定阶段生产关系适应生产力发展的必然结果，是不同经济社会约束条件下的最佳选，它们会随着外部环境和内部条件的变化而变化，并最终走向成熟。通过对合作社发展中存在问题及问题根源进行深入分析，进而从一般意义上提出玉树州生态畜牧业专业合作社发展的路径及政策建议。