背景与目的：花垣河位于湖南省湘西自治州花垣县境内，是该县的主要河流，为当地的居民提供着生活用水和水产养殖水域。随着采矿业的不断发展，沿河两岸硫酸锰废渣不断堆积，不经处理的废水废料直接排出，导致花垣河受到了严重的重金属污染。自2007年起，本课题组致力于花垣河重金属污染调查及污染修复的研究，取得了一定的成果。本研究在前期工作的基础上，对花垣河再一次的采样，探究重金属污染对水体浮游生物群落遗传结构的影响，并对花垣河污染现状进行生态风险评价，　　方法：　　1、采用原子火焰吸收分光光度法，测定并分析八个样点(茶洞；毛沟大桥上1000米；毛沟大桥下1000米；竹篙滩；浮桥；交汇口；磨岩坡；狮子桥)水样中的重金属含量。　　2、利用Hakanson生态风险指数法对花垣河河水进行潜在生态风险评价。　　3、采用 RAPD技术，分析重金属污染下八个采样点浮游生物群落遗传结构，并探讨群落遗传结构与重金属污染的相关性。　　4、采用 DGGE技术，分析重金属污染下八个采样位点原核浮游生物和真核浮游生物群落结构，并分别探究与重金属污染的相关性。结果：　　1、花垣河水中Mn、Pb、Cd、Fe、Zn的平均含量仍旧超过《中国饮用水标准》；Mn、Pb、Cd平均含量仍旧超过《世界卫生组织饮用水标准》。　　2、在八个采样位点中，单一重金属潜在生态危害系数由高到底依次为：Cd＞Pb＞Mn＞Zn＞Cu，八个采样点生态危害指数由高到低一次为：磨岩坡、狮子桥、毛沟大桥下1000米、浮桥、交汇口、毛沟大桥上1000米、竹篙滩、茶洞。　　3、RAPD聚类图谱与重金属相关性分析表明：强生态危害程度的河段，浮游生物群落与重金属浓度呈现很好的相关性，轻微、中等和很强生态危害程度的河段，浮游生物群落遗传结构与重金属浓度没有呈现较好的相关性。单独的采用RAPD技术探究水体污染是远远不够的。　　4、基于16s rDNA和18s rDNA的DGGE分析表明：浮游生物中的原核生物可更好地应用于水体污染的评价。　　5、在不同生态危害程度重金属污染水体中，可能需要结合多种DNA指纹技术和各种环境因子，探讨重金属污染对花垣河浮游细菌、植物、动物等群落遗传结构的影响，从而在DNA指纹水平上完善水体重金属污染的监测体系。　　结论：　　1、花垣河河水中Mn、Pb、Cd、Fe、Zn平均含量仍旧超过《中国饮用水标准》；Mn、Pb、Cd平均含量超过《世界卫生组织饮用水标准》。生态危害指数处于轻微和很强生态危害程度之间。　　2、浮游生物中原核生物群落遗传结构与重金属相关性较好，可以应用于水体污染的评价。