CD40及CD40LG基因8个单核苷酸多态性与冠心病关联性分析及预测模型构建

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目的:探讨CD40和CD40LG基因的8个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与冠心病(coronary heart disease,CHD)以及CHD所致心源性猝死的关联性,并构建CHD的预测模型,为冠心病及其所致心源性猝死的预防以及法医学诊断提供实验依据。方法:1、使用db SNP数据库,结合文献,筛选CD40及CD40LG基因中次等位基因频率较高,并有过文献报道的8个SNP位点作为研究对象;2、收集贵州医科大学法医司法鉴定中心2017~2018年尸体检验血液样本,分为CHD组(n=138)和对照组(n=192),其中CHD组继续分两个亚组,CHD导致心源性猝死组(n=62)和CHD非心源性猝死组(n=76),并收集相关基线资料用于后续分析;3、利用多重扩增及高通量测序技术获得基因分型,使用Cutadapt(v 1.2.1)及PRINSEQ-lite(v 0.20.3)软件进行质控,BWA(v 0.7.13-r1126)软件用于计算目标位点的基因型,最后使用Annovar(2018-04-16)软件对突变位点进行基因注释;4、利用T检验以及卡方检验比较CHD组与对照组间基线资料的差异性,利用logistic回归评估各个变量在CHD及CHD所致心源性猝死中的风险值,并将CHD非心源性猝死组和CHD所致心源性猝死组进行分层分析;5、使用二元logistic算法建立CHD预测模,并绘制受试者工作特征曲线、校准图以及决策曲线评估该预测模型的应用价值。结果:1、对照组与CHD组比较的结果显示,CD40LG基因中rs1126535、rs3092923、rs3092927、rs3092929与CHD发生无明显相关性,CD40基因中rs1535045的CT、TT基因型、rs4239702的CT、TT基因型以及rs4810485的GT、TT基因型患CHD的风险升高,rs1883832的CT、TT基因型患CHD的风险降低;2、CHD非心源性猝死组与CHD导致心源性猝死组比较的结果显示,rs1535045的T等位基因与CHD所致心源性猝死正相关(OR值=2.333,P=0.01),分层分析后发现Gensini评分≤10分时(OR值=2.50,P=0.01)和Gensini评分>10分时(OR值=1.07,P=0.91)有着不同价值;3、用各个SNP及危险因素初步构建CHD预测模型,最终确定以rs4810485、性别、年龄、BMI、左心室壁厚度、高血压、慢性肝脏疾病、吸烟史作为自变量的预测模型,并以列线图的形式呈现。结论:1、CD40基因中rs1535045、rs1883832、rs4239702、rs4810485的分型与CHD的发生相关;同时rs1535045的T等位基因是CHD所致心源性猝死的危险因素;2、CD40LG基因中rs1126535、rs3092923、rs3092927、rs3092929并非CHD发生的危险因素。3、利用SNP及回顾性分析初步构建CHD预测模型。
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