创新是经济社会发展的不竭动力，创新能力和竞争力已经密不可分。在国家发展战略性调整和中药产业现代化发展的战略框架下，医药产业格局应该进行重大调整，医药产业必将成为我国某些地区重要的接续产业和支柱产业之一，而医药区域创新体系(这里的区域是指省级行政区域)的完善程度直接影响该地区医药产业的发展和该产业在地区产业格局中的地位，在此背景下研究如何建立和完善医药产业区域创新体系具有十分重要现实意义，对地区医药产业的发展具有重要指导意义。医药产业区域创新系统的建立与发展是以创新理论、创新系统理论、国家创新系统理论等为基础，是这些理论的继承与发展，也是这些理论首次在医药产业中的实际应用。本论文首先对这些理论作了简要回顾和追踪，包括创新理论的渊源、提出及其发展进行了评价，指出了现有创新理论的贡献与不足，特别是现有的创新理论之间缺乏系统性和关联性，并且过于强调技术创新的研究，而忽视了其它方面创新的作用。一个地区产业经济发展是一个复杂的系统工程，单靠某一创新的作用难以实现，只有各个方面的创新相互协调、相互配合，才能有效促进地区经济的繁荣，这是研究医药产业区域创新系统所要解决的迫切问题。创新系统理论是创新理论的发展，所以本文回顾了国家创新系统理论和区域创新系统理论，指出国家创新系统理论开创了研究多个创新主体相互作用的新局面，并将创新提高到决定国家社会经济发展的高度；区域创新系统理论是国家创新系统理论在知识经济化、经济全球化背景下的深化与发展，同时分析了创新系统理论对于医药产业区域创新系统构建可供借鉴的思想和应当注意的问题。在此基础上，本文构建了医药产业区域创新系统理论模型。在该模型中，医药产业区域创新系统体现出了企业的主体地位以及创新机构之间如医药企业与医药大学、医药科研机构的互动关系，而且这种互动是一种按照实际需求建立起来的非永久性的协作。还有医药创新资源和管理系统，其中创新资源包括创新人才、创新资金和专利、知识与资源信息，它们是一个统一的整体，而创新人才是创新之本，也突出了它的中心位置。本文还分析了影响医药产业区域创新系统的各环境要素对系统效能的影响，给出医药产业区域创新系统运行机制。在构建了医药产业区域创新系统并对其效能分析的基础上，作为实证研究的范例，本文又以辽宁省行政区域为主要研究对象进行了医药产业区域创新系统的实证研究。通过对国内医药区域发展和医药产业创新能力区域比较的研究，进行了辽宁省医药产业发展的理性定位：在医药区域发展方面：从1998-2002年13个省市的医药工业发展情况研究结果看，无论是亏损面、总产值(不变价)，还是企业销售利润，辽宁省医药产业的发展处于比较落后的状况。在医药创新能力方面：辽宁省的优势在于技术创新能力和知识创造能力，弱势在于创新环境，医药知识流动能力有待提高。进而得知，辽宁省医药产业创新系统的建设必须以辽宁省医药产业的存量优势与潜在优势为基础，包括辽宁省医药产业发展的宏观定位和医药创新能力的微观比较，而且辽宁省在其区域内部有相对的完整性、独立性以及独特的“个性”等特征，这就使得在建设辽宁省医药产业创新系统时，既具有国家、区域创新系统的一般做法，也需要总结其不足并按照辽宁省自身的特色来设计其创新系统。同时提出要依据可持续发展观来建立与发展辽宁省医药产业创新系统。最后本文以辽宁省医药产业创新系统的有效运行为基础，以培育辽宁省医药产业区域创新能力为核心，以科技链带动产业链、发展地方产业经济为目的，提出了基于可持续发展观的辽宁省医药产业发展的中长期规划。