近年来，地方行政区域间生态效益补偿问题变得复杂，这是因为作为公共物品的生态环境具有显著的跨区域性。虽然生态效益补偿已经成为一种协调经济发展和生态保护的措施，但我国对地方行政区域间生态效益补偿的研究还处于初始阶段。因此，我国需要研究并建立生态效益补偿直接支付制度，从而进一步完善地方行政区域间生态效益补偿制度，促进区域协调发展。　　 本文一共分为四个部　　 分。　　 第一部分介绍地方行政区域间生态效益补偿制度。分析我国地方行政区域间生态效益补偿制度的现状及存在的问题，提出生态效益补偿直接支付。　　 第二部分分析生态效益补偿直接支付制度的基础。从理论、规范和制度方面分析建立生态效益补偿直接支付制度的基础，生态效益补偿直接支付制度是可以建立的。　　 第三部分对生态效益补偿直接支付和财政转移支付进行比较。分析财政转移支付制度的功能和存在问题，指出生态效益补偿直接支付制度的优点，得出运用生态效益补偿直接支付进行地方行政区域间生态效益补偿更有效。　　 最后一部分借鉴国外生态效益补偿直接支付制度的经验，主要从原则和内容两方面来构建这一制度，希望促进区域的和谐发展。