猪L-FABP基因的遗传多态性及其与肌内脂肪含量的相关性研究

来源 :河北农业大学 | 被引量 : 6次 | 上传用户:shengchunquan
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本研究选用杜洛克、长白、大白、冀合白A、冀合白B、辽宁黑猪、丹育黑猪7个猪群共281头猪为研究对象,利用GenBank上已发表的猪(DQ182323)的L-FABP基因序列设计引物,进行PCR扩增并测序。结果表明:引物1扩增的外显子1到部分内含子1片段每个猪群选择两个个体经测序得到的序列与GenBank上已发表的猪(DQ182323)的L-FABP基因序列比对,发现所测所有个体237位点、258位点和315位点碱基分别为A、T和T与DQ182323序列的碱基G、C和C不同,而且所测个体间存在G403A突变。引物2扩增的部分内含子1到外显子2片段每个猪群选择两个个体经测序得到的序列与GenBank上已发表的猪(DQ182323)的L-FABP基因序列比对,发现所测个体间存在7个多态位点。其中,G1546T、C1715T和T1741C三个突变位点发生在内含子1,其余四个突变位点C1755T、T1870C、A1875C和C1897A发生在外显子2,C1755T、T1870C、A1875C为同义突变,而C1897A导致Leu-Met氨基酸的改变。G1546T位点上7个品种(系)均以G等位基因占优势,冀合白B系只存在GG基因型,杜洛克、冀合白A系猪未能检测到TT基因型的存在。基因型分布经独立性x~2检验表明冀合白B与冀合白A差异不显著,辽宁黑猪与丹育黑猪差异不显著。C1715T位点上,7个品种(系)除辽宁黑猪C/T等位基因频率相等外均以C等位基因占优势,冀合白B系只存在CC基因型,杜洛克、冀合白A系猪未能检测到TT基因型的存在。基因型分布经独立性x~2检验表明辽宁黑猪与其它6个猪种之间存在显著或极显著的差异。T1741C位点上,7个品种(系)除大白猪以T等位基因占优势外均以C等位基因占优势。辽宁黑猪、丹育黑猪、冀合白A系、B系、杜洛克、长白猪、大白猪C等位基因频率分别为0.781,0.643,0.152,0.651,0.755,0.718,0.419。基因型分布经独立性x~2检验表明大白猪与其它6个猪种之间存在极显著的差异(P<0.01);丹育黑猪与其它6个猪种之间存在显著或极显著的差异。C1755T位点上,7个品种(系)均以C等位基因占优势。杜洛克、辽宁黑猪、丹育黑猪只存在CC基因型。基因型分布经独立性x~2检验表明长白猪与其它6个猪种之间存在显著或极显著的差异;辽宁黑猪、丹育黑猪和杜洛克三者之间互无差异,此位点C等位基因与肌内脂肪含量相关。T1870C、A1875C、C1897A三个位点表现为连锁关系,7个品种(系)T1870C位点除长白猪以C等位基因占优势外其他均以T等位基因占优势,杜洛克T等位基因频率最高(0.875),未检测到CC基因型;A1875C位点除长白猪以C等位基因占优势外其他均以A等位基因占优势,杜洛克A等位基因频率最高(0.875),未检测到CC基因型;C1897A位点除长白猪以A等位基因占优势外其他均以C等位基因占优势,杜洛克C等位基因频率最高(0.875),未检测到AA基因型。三个变异位点基因型分布经独立性x~2检验表明长白猪与其它6个猪种之间存在显著或极显著的差异;辽宁黑猪、冀合白B、丹育黑猪三者差异不显著,辽宁黑猪与其它猪种存在显著或极显著的差异。在L-FABP基因的7个变异位点上,多态信息含量G1546T、C1715T位点辽宁黑猪PIC含量高为高度多态,长白猪和丹育黑猪为中度多态,而冀合白B为单态,其他品种的PIC含量较低,为低度多态。T1741C位点长白猪、大白猪、冀合白A、丹育黑猪PIC含量高为高度多态,其他品种为中度多态。C1755T位点长白猪和冀合白B分别为高度多态和中度多态,而杜洛克、辽宁黑猪为单态,其他品种的PIC含量较低,为低度多态。T1870C位点7个猪种PIC含量高为高度多态。A1875C、C1897A位点长白猪和辽宁黑猪为高度多态,而杜洛克为低度多态,其他四个品种为中度多态。研究结果显示所测七个猪种除冀合白A与杜洛克IMF含量差异不显著,品种之间IMF含量差异显著。辽宁黑猪、丹育黑猪、冀合白B、冀合白A与杜洛克肌内脂肪含量高,其次是长白,而大白肌内脂肪含量较低,肌内脂肪含量存在品种差异。在内含子内的G1546T,C1715T和T1741C三个突变位点同一位点基因型之间IMF含量差异不显著。在外显子内的C1755T位点,基因型CC的IMF含量显著高于CT基因型和TT基因型;T1870C,A1875C,C1897A三个位点表现出连锁关系,基因型之间IMF含量差异不显著,T1870C位点IMF含量存在基因型TT>CT>CC的趋势,A1875C位点IMF含量存在基因型AA>AC>CC的趋势,C1897A位点IMF含量存在基因型CC>AC>AA的趋势,三个位点存在TT-AA-CC基因型的IMF值较高。聚类结果表明,冀合白A与冀合白B聚合在一起,然后与大白猪聚在一起,再与辽宁黑猪和丹育黑猪聚在一起;杜洛克、长白猪与他们依次聚在一起。表明冀合白A与冀合白B、辽宁黑猪与丹育黑猪之间较近的亲缘关系。试验对于L-FABP序列进行了多态性分析,目的是发现新的多态性位点,研究L-FABP不同基因型与肌内脂肪(IMF)含量的关系,进而为确定影响肌内脂肪含量的主效基因或有效的连锁标记奠定基础。
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