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猪流感病毒(Swine influenza virus，SIV)为单股负链RNA病毒，属于正黏病毒科A型流感病毒。A、B和C3型的流感病毒都可以感染猪，引起猪流感(Swine influenza,SI)的发生。目前世界各地流行的SIV主要有3种血清型，即古典H1N1，类禽H1N1，类人H3N2。由于猪体内呼吸道上皮细胞上同时存在唾液酸α2,3半乳糖(SAα2,3Gal)和唾液酸α2,6半乳糖(SAα2,6Gal)两种连接类型的受体，降低了猪的种间屏障，使得猪具有被禽流感病毒和人流感病毒感染的能力，从而成为禽和人流感病毒共同的易感宿主，是流感病毒基因重组或重配的“混合器”和流感病毒新流行毒株的孵育器。猪已经成为越来越多不同亚型流感病毒的“中间宿主”。多种不同亚型的流感病毒在我国猪群中长期共存，为产生重排病毒创造了条件，这将对养猪业以及人类公共卫生都具有潜在的威胁。这就赋予了SI在人和动物流感的病原学、生态学及流行病学中占有举足轻重的地位。国际学术界已普遍认为，通过猪可以产生在人群中有流行潜力的病毒株。因此猪流感的影响不仅在于其显而易见的兽医传染病学的意义，更在于其深远的公共卫生意义。本研究从河南省不同地区采集疑似猪流感的病猪鼻拭子，通过鸡胚传代分离病毒，经过血凝、血凝抑制试验及全基因序列测定最终分离到2株猪流感病毒，一株为H3N2亚型，另一株为H1N1亚型。根据流感病毒命名标准体系分别命名为A/swine/Henan/1/2010（H3N2）（SW/HN/1/10）、A/swine/Henan/405/2010（H1N1）（SW/HN/405/10）。为了了解这2株猪流感病毒分离株的分子流行特征，在全基因测序的基础上，与GeneBank上登录的相关参考毒株进行核苷酸及推导氨基酸全序列的同源性比较，并分析HA推导氨基酸蛋白裂解位点、受体结合位点、潜在糖基化位及NA推导氨基酸蛋白酶活性中心位点，二硫键位点、糖基化位点、抗原位点等的变异情况及其系统进化地位。SW/HN/1/10（H3N2）分离株共有8个片段，HA基因有1728个碱基组成，编码567个氨基酸。根据HA基因的核苷酸序列推导出其氨基酸序列，发现其裂解位点为PEKQTR↓G，不符合高致病力毒株的分子特征，提示该分离株为非高致病力毒株；SW/HN/1/10有11个潜在的糖基化位点,与A/Moscow/10/99、A/Sydney5/97、A/NewYork/333/99等经典人源谱系代表株一致。NA基因无氨基酸的插入或缺失，酶活性中心位点，二硫键位点、糖基化位点高度保守，抗原位点有变异。与GeneBank中登录的H3N2亚型人源、经典猪源和禽源SIV进行比较分析显示分离株的8个基因分别与人流感相关基因氨基酸的同源性均在98.5%以上；遗传进化分析表明：SW/HN/1/10的8个基因进化树均处于近代人源谱系Moscow/99-like亚系。由此推测，SW/HN/1/10可能来源于人源流感病毒株。SW/HN/405/10（H1N1）分离株共有8个基因片段，其中HA基因全长1701bp，编码566位氨基酸。根据HA基因的核苷酸序列推导出其氨基酸序列，发现其裂解位点为IPSIQSR↓G，与所有参考毒株的序列一致且没有碱性氨基酸存在。整个蛋白共有7个糖基化位点，其中SIV河南株与欧洲株(Sw/cd/1999)的糖基化位点完全相同，与国内广东株(Sw/gd/2001)香港株(Sw/hh/2001)及美洲株(Swlwi/1998)有三个位点差异。NA基因全长1477Kb，共编码470个氨基酸。对SW/HN/405/10株NA基因推导的氨基酸序列进行分析发现，NA编码区没有氨基酸的丢失与插入，其酶活性中心，二硫键位点高度保守，但抗原位点有变异；NA基因共有6个潜在糖基化位点，其糖基化位点与A/swine/Hong Kong/NS62/2005、A/swine/Belgium/1/1998等类禽谱系代表株一致。与GeneBank中登录的古典的H1N1，类禽H1N1和季节性的H1N1人流感病毒进行比较分析显示分离株的8个基因分别与类禽H1N1流感相关基因氨基酸有较高的同源性（92.1％-99.4％）系统进化树分析结果表明：该分离株的的8个基因进化树均处于类禽型H1N1谱系。由此推测该分离株可能来源于类禽型H1N1猪源谱系。本研究在对分离自河南的两株不同亚型猪流感病毒全基因进行序列测定的基础上，对其遗传演化关系进行分析，从分子水平上探究该病毒的基因来源，为进一步系统的研究河南地区乃至全国SIV抗原变化积累实验数据，为我国的流感防控工作提供了科学依据。