科研在高职院校的发展中具有重要的地位，但目前高职院校的科研管理还存在较多的问题。就南京江宁大学城多所高职院校的实际情况看，这些科研管理问题主要是:缺乏专业科研管理组织，对外界反应迟钝，不利于信息的沟通、工作的创新;欠缺专业的科研管理人员，科研管理水准还有待进一步提升;缺少健全的科研激励制度，科研管理制度无法适应自身发展;科研经费管理较为宽松，滞后于科研发展;科研工作者欠缺团队意识，尚未形成建设科研团队的气候，缺乏跨学科、跨部门的优秀科研团队;高职院校的科研保障资源与基础设施建设的不足，使得科研管理工作效率无法提高。　　要合理解决科研管理以上问题，高职院校应当理清思路:一是，进一步明确高职院校科研管理的发展方向;二是，结合高职院校实际情况对管理原则适当调整;三是，不断推进高职院校科研管理模式创新，最终达到科研工作量的提升和质的飞越。　　在理清思路的基础上，高职院校应当采取一些针对性的措施:高职院校创新科研管理组织不仅要顺应时代发展的要求和外部环境的变化，还要依据自身的特点，实现跨学科、跨院（系）、跨领域的科研管理组织;提升科研管理人员素质、服务理念，培养具备较高专业管理能力的科研管理人员;构建高效的科研激励制度，全面提升科研工作者的主动性与积极性，有效提高科研管理的绩效;规范科研经费管理，完善科研经费管理制度，使有限的科研经费发挥最大的效益;强化科研保障条件，以科研管理为前提，提高高职院校科研竞争力和潜能;加强科研团队管理，使科研团队有效运转，提升学校科研的综合竞争力。