本研究利用微卫星标记技术,分析了巴尔虎马、锡尼河马、乌珠穆沁马、乌审马、三河马、纯血马等6个马品种在9个微卫星基因座的遗传多样性。旨在为马遗传资源的合理保护及利用提供科学依据。研究结果如下:1.利用所选的9个微卫星基因座对6个马品种的305个个体进行PCR扩增,得到特异性的扩增产物;共检测到99个等位基因,平均每个基因座11个等位基因,最少为5.5个;有效等位基因数目总共为53.44;同时进行优势等位基因分析,结果表明:9个微卫星基因座都有优势等位基因存在。2.哈代-温伯格平衡检验结果表明:6个品种均处于遗传不平衡状态,究其原因有随机交配发生偏移、遗传漂变及选择等因素。3.以等位基因为基础,得出位点的平均杂合度在0.5839-0.8166之间,群体平均多态信息含量在0.5093-0.8430之间。在9个位点中,除ASB18在纯血马品种上、UM022在乌珠穆沁马、三河马和纯血马品种上表现为中度多态性,其余位点均为高度多态位点。4.计算了总群体杂合度和亚群体杂合度以及遗传分化系数,结果表明品种间变异仅占总群体变异的4.79%。5.对各微卫星标记进行F-统计量计算,结果Fst的变化范围是从ASB2的0.0278到UM022的0.0778;群体每代迁移数在2.9618-8.7303,平均值为4.7565。6.计算了共祖遗传距离,并进行了NJ和UPGMA聚类,两种聚类较一致,内蒙的乌珠穆沁马、乌审马总能聚到一起。