海豚链球菌（Streptococcus iniae,S.iniae）是海水养殖鱼类重要的细菌性病原,给水产养殖业造成了巨大的经济损失,严重阻碍了鱼类养殖业的健康发展。目前,愈来愈多的国内外研究人员从宿主（海水鱼类）免疫防御机制等方面开展系统的研究,以此为海豚链球菌病的防御提供理论基础和科学依据。MicroRNA（miRNA）参与许多生物活动,包括对病原体的免疫防御。在本论文研究中,我们应用高通量测序技术分析海豚链球菌感染后不同时间点（6h和24h）牙鲆体内的miRNA表达情况。共鉴定出1038个miRNAs,其中249个miRNAs是新颖的miRNAs,81个miRNAs在感染海豚链球菌后呈现显著差异表达,被命名为DEmiRNAs（Differentially Expressed miRNAs）。在这81个DEmiRNAs中,34个和58个miRNA分别出现在感染后6小时和24小时。大多数DEmiRNAs具有很强的时间特异性,仅有13.6%的DEmiRNAs同时出现在两个时间点。对81个DEmiRNAs进行靶基因预测分析,发现了9582个预测靶基因。通过GO（Gene Ontology）分析,这些靶基因被富集到各种GO terms,主要包括生物过程（biological process）、分子功能（molecular function）和细胞组分（cellular component）。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）分析表明,这些靶基因也被富集到各种KEGG通路,主要包括内吞作用和溶酶体相关途径以及MAPK、Erb B和AMPK等信号传导途径。自上述发现的DEmiRNAs中,选择了两个DEmiRNAs,即pol-3p-10740＿175和pol-miR-216b,对其进行了调控与功能研究。发现pol-3p-10740＿175靶向双重特异性磷酸酶6（dual specificity phosphatase 6,Dusp6）,并抑制后者的表达。用pol-3p-10740＿175转染牙鲆FG细胞可显著性抑制海豚链球菌入侵。发现pol-miR-216b的表达水平在海豚链球菌和细胞肿大病毒（megalocytivirus）感染过程中发生显著变化。进一步研究发现pol-miR-216b靶向Fas凋亡抑制分子（Fas apoptotic inhibitory molecule,transcript variant X1,FAIM1）。pol-miR-216b通过与牙鲆FAIM1（命名为PoFAIM1）的3’-UTR相互作用而调控PoFAIM1表达。Fas凋亡抑制分子是一种抗凋亡蛋白,其在鱼类中的功能作用尚不清楚。我们发现PoFAIM1与哺乳动物FAIMs在结构上高度保守,都有一个FAIM1结构域。为了研究PoFAIM1的功能,我们构建了干扰PoFAIM1表达的RNAi干扰表达质粒,并检测了它们的体内效应,发现干扰表达质粒能显著抑制PoFAIM1在牙鲆肝、脾、肾、肠中的表达。综上所述,本论文研究首次鉴定了海豚链球菌诱导的牙鲆miRNA表达谱图,发现了海豚链球菌调控的大量miRNAs,证明了miRNA参与抗海豚链球菌感染免疫。这些研究结果加深了我们对鱼类miRNA在抗细菌感染免疫中的作用的理解。