流行性感冒(简称流感)是一种重要的呼吸道疾病，猪流感(swine influenza，SI)和禽流感(avian influenza，AI)长期以来给人类造成了巨大的经济损失并危害人类的公共卫生安全。猪具有感染人流感病毒和禽流感病毒(avian influenza virus，AIV)的能力，被认为是人流感病毒和禽流感病毒的“混合器”，在流感病毒的变异重组上扮演着重要角色。由于H9N2亚型AIV的低致病性，该病毒可以无症状地传播于各种鸟类和哺乳动物之间。我国特别是我国南方地区的生态环境有利于流感病毒生长和变异，在病毒来源和分子流行病学研究上，是世界新流感亚型毒株出现和流感暴发的疫源地，所以对于华南地区猪流感病毒(swine influenza virus，SIV)和AIV的研究具有重要的意义。　　本研究对华南地区2009-2011年分离得到的H1N1亚型SIV和H9N2亚型AIV进行了全基因组进化分析，同时本研究以小鼠为动物模型，研究了H1N1亚型SIV和H9N2亚型AIV对哺乳动物的致病性及传播能力。　　本研究分离得到的H1N1亚型SIV为经典SIV，本研究在分离毒株的基础上鉴定和命名了国内所有的H1N1亚型SIV的谱系和基因型。H1N1亚型SIV的HA裂解位点分析表明裂解位点附近无连续碱性氨基酸残基的插入，符合低致病性流感病毒的特点。其中PB2基因来源于CS、ESH和RSH谱系的病毒可能更易于感染人类。H1N1亚型SIV在我国国内呈现出进化复杂性和多样性，与其他亚型流感病毒尤其是人流感病毒密切相关。我国国内的H1N1亚型SIV的不同谱系之间发生了多重重组，产生了许多新的重组病毒，有些重组病毒可能易于感染人类。　　本研究从华南地区分离得到5株H9N2亚型AIV，经过系统演化分析表明H9N2亚型AIV为四元重配病毒，其中PB1、PA和NP基因属于F98-like谱系，PB2基因属于ST/163-like谱系，HA、NA和NS基因属于CK/BJ-like谱系，M基因属于Gl-like谱系。H9N2亚型AIV的HA裂解为点分析表明裂解位点附近无连续碱性氨基酸残基的插入，符合低致病性流感病毒的特点。　　本研究以小鼠为模型，通过建立H1N1亚型SIV和H9N2亚型AIV的实时荧光定量PCR检测方法，研究了H1N1亚型SIV和H9N2亚型AIV对哺乳动物的致病性及传播能力。结果表明：1)本研究的H1N1亚型SIV可以感染小鼠并且在肺部和脑部可以检测病毒(3dpi、6dpi病毒含量较高)。H1N1亚型SIV除了侵害小鼠的呼吸系统外，还轻微的侵害了其神经系统。本研究的H1N1亚型SIV在小鼠之间不具备传播能力。2)H9N2亚型AIV可以感染小鼠，并且在小鼠的多个脏器都可以检测到不同含量的病毒(3dpi、6dpi病毒含量较高，且肺部和鼻甲部较多)。H9N2亚型AIV除了侵害小鼠的呼吸系统外，还轻微的侵害了其神经系统。本研究的H9N2亚型AIV可以在小鼠间传播，但是复制水平低，传播能力较弱。3)H1N1亚型SIV和H9N2亚型AIV共同感染小鼠时与单独感染相比发生了一些变化。H1N1亚型SIV在共同感染时除在脑部和肺部检测到H1N1 SIV外，在心脏和鼻甲部也可以检测到H1N1 SIV。H9N2亚型AIV在共同感染时病毒的组织分布无变化，但是不同组织的病毒含量发生了改变。4)本研究同时通过肺部病理切片研究了H1N1亚型SIV和H9N2亚型AIV对小鼠的致病性。结果表明，本研究的这两种分离株病毒都可以引起小鼠肺部不同程度的病理变化，局部肺泡壁增厚，破裂，有出血、淤血，有些部位出现吞噬细胞和巨噬细胞渗出，肺部呈现间质性炎症。H1N1亚型SIV与H9N2亚型AIV之间相比较，SIV造成小鼠的肺部炎症明显轻于AIV引起的炎症。而H1N1亚型SIV和H9N2亚型AIV共同感染时引发的小鼠肺部炎症要高于各自单独感染时造成的炎症。