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茶树是我国重要的经济作物之一。近年来，已育成许多具有优异性状的茶树品种。一方面，这些品种大多采用系统选种和杂交育种的方法选育而成，骨干亲本类似，亲缘关系比较接近，使品种的遗传背景较窄。如果能从分子水平上揭示这些品种之间的亲缘关系和遗传结构，将为杂交育种时亲本的选择提供一定的科学指导。另一方面，随着，新培育出的优良品种越来越多，对茶树品种的鉴别提出了更高的要求。SSR（Simple sequence repeat，简单重复序列）分子指纹图谱鉴定技术具有简便、迅速不受环境条件影响等优点，非常适合品种鉴定。本研究以254个优良茶树品种为材料，从前期构建的遗传连锁图谱上选出185个SSR标记，分析了我国茶树品种的遗传多样性水平，并通过筛选出的核心引物，构建了较全面的茶树品种分子指纹图谱。主要研究结果如下： 1.从185个SSR标记中初步筛选出了128个扩增条带清晰、稳定的SSR标记。不同连锁群上的SSR标记检测到的平均等位基因数、基因型个数、多态性息含量均有较大差异。根据引物扩增条带易统计程度，PIC（Polymorphism information content，多态性息含量）和基因型个数，筛选了2套均匀分布于15连锁群上的30对核心引物。理论上任意两个品种可能混淆的概率为6.0×10-13。同时，通过标准误的变化，250个茶树品种遗传多样性研究至少需要30对SSR引物。 2.利用128个SSR标记分析了我国茶树优良品种的遗传多样性水平，在254个茶树品种中共检测到629个等位变异，平均观测杂合度HO为0.43，期望杂合度HE为0.54。Shannon信息指数（I）平均为1.03。PIC平均为0.5，基因多样性指数平均为0.54。从地理区域来看，云南、广东、重庆的品种基因多样性水平较高，达到0.5以上；台湾的品种遗传多样性水平最低，只有0.29。从不同时期分析，2000s育成品种的基因多样性水平最高，达到0.54，其次是1990s，2010s，1980s最低。比较不同年代间平均遗传距离的变化，发现1980s品种遗传距离为0.30，1990s上升到0.32，此后呈下降的趋势。基于遗传距离的N-J(Neighbor-joining)聚类将茶树品种分为3个大类群，基于Structure数学模型的算法则将所有材料分为5个亚群。 3.应用毛细管电泳（Capillary electrophoresis，CE）荧光标记检测分析手段与聚丙烯酰胺凝胶电泳（Polyacrylamide gel electrophoresis, PAGE）银染检测技术，选用30对核心引物分别分析了254个品种的基因分型结果。通过比较发现，CE比PAGE多检测出63个总等位变异数，平均每个位点上多检测出2个等位基因、7个基因型，所检测到的引物PIC和引物鉴别能力（Power of discrimination, PD）也更高。CE荧光标记检测可以直接读出目标DNA片段的准确大小，检测数据更为精确。将毛细管电泳片段大小数据转变成基因型格式，并以第一套优先引物，构建了254个茶树品种的指纹图谱。