套袋果实黑点病是自苹果大面积推广套袋栽培后出现的新病害，而霉心病是一种重要的果实病害，常引起生长期的大量落果及储藏期的烂果，现有研究表明这两种病害主要由粉红单端孢Trictothecum roseum等致病菌侵染所致，每年都会给果农带来大量的经济损失。目前，由于对病原菌的侵染过程、致病机制及病害的发生规律和流行特点了解甚少，生产上缺乏有效的防治措施，使得盲目用药等问题越来越突出，给果品安全及生态安全带来了严峻的挑战。为明确黑点病与霉心病的发病诱因并提出有效的防治策略，本研究系统地监测了不同地区的套袋、不套袋果实表面真菌群落结构及其变化；研究了温度、湿度及生长发育期对黑点病发病的影响，并测试了不同杀菌剂对黑点病形成的抑制效果；通过人工接种及组织学观察等方法以研究霉心病的发病机制。　　本研究采用IonS5TMXL解读真菌ITS区域序列的技术，对胶州、栖霞、莱阳三地的套袋与不套袋果实表面真菌群落结构及变化动态进行了分析，结果表明胶州果园中真菌多样性较其他两地高；套袋对果实表面真菌群落结构有着不可忽视的影响，套袋果实中真菌的种类丰富度低于未套袋果实，且样品中的优势菌群与未套袋果实样品也存在显著差异，Pichia、Alternaria、Trichothecium等真菌在套袋果实样品中丰度较高，而在不套袋果实样品中特异性累积的真菌为Cladosporium、Trichosporon、Mycosphaerella等；8月份袋内温度较高，使得绝大多数真菌难以在果实表面生长繁殖，进入9、10月份后气温降低，此时果实表面上定殖的真菌种类就会逐渐回升；针对“套袋果实斑点病”及霉心病的5种主要致病菌进行数据分析，结果表明5种致病菌的丰度在三个采样地区没有明显差异，Trichothecium、Alternaria、Acremonium均在套袋果实样品中特异性积累，其中Trichothecium丰度达到最大的时间为9、10月份而Alternaria与Acremonium为7、8月份，Cladosporium和Fusarium与各环境因子相关性均较低。　　自未喷施过杀菌剂的苹果园内采集的苹果幼果，在高湿条件下培养3天，幼果果面上就可以产生典型的黑点病斑，通过病原菌分离鉴定发现主要致病菌为粉红单端孢，其菌丝在病斑中以侵入点为中心呈放射状扩展，并且在侵染时能诱导果肉外围细胞木栓化；在不同条件下诱发黑点病发现当温度为25℃左右、湿度达到100%时病斑数量最多；分别对5-8月份的幼果进行诱导发病发现7月初的果实上黑点病斑数较多且病斑较大，由此认为7月初为幼果对黑点病最为敏感的时期；通过先喷施药剂再对果实诱发黑点病的方法进行了药效试验，各药剂对黑点病都有一定的防治效果，其中吡唑醚菌酯及多抗霉素的防效最好可达85%以上。　　分离纯化霉心病病果中的病原菌并通过形态鉴定与分子鉴定确定所得病原菌均属于枝孢霉属、曲霉属、青霉属、毛霉属、链格孢属及聚端孢属，其中致病能力最强及最弱的分别为曲霉属、枝孢霉属的菌株；通过接种试验发现，感病品种果实的萼筒自7月份开始逐渐开裂，并逐渐发展为管状通道，最终使心部与外界相通；明确了霉心病菌的主要通道为花柱中心，病原菌侵染花柱后会沿着花柱向下蔓延直至侵入果实心部。