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狗牙根是一种应用最为广泛的暖季型草坪草，但因其抗寒性较差，在北方及过渡带地区难以越冬，因而极大地限制了其应用。国内外研究学者围绕着狗牙根抗寒鉴定、生理响应机制、抗寒育种等开展了大量的研究。与国内外广泛应用的狗牙根相比，新疆狗牙根的最大特点在于其抗寒性强，在乌鲁木齐有雪覆盖条件下-32℃能安全越冬，然而其抗寒机制还不清楚。因此本研究以强抗寒与寒敏感狗牙根为材料，对狗牙根EST-SSR标记（体系优化、引物筛选）、抗寒材料数字图谱构建、抗寒相关片段序列分析等进行深入探索，以期为揭示狗牙根抗寒分子机制及抗寒狗牙根分子标记辅助育种提供科学依据。通过研究，主要结论如下: (1)通过正交实验设计对狗牙根EST-SSR反应体系进行优化，最终确定其优化体系为:20μl反应体系中含有Mg2+1.5mmol/L，dNTP0.2 mmol/L，引物0.5μmol/L，TaqDNA聚合酶0.5U，模板DNA100 ng，10×buffer2.0μL，其余补足水至20μL。 (2)通过对55对狗牙根EST-SSR引物进行筛选，最终筛选出46条EST-SSR引物，其在160份狗牙根材料上表现出多态性，共扩增出326条带，313条具有多态性，多态性比例为96.01％。 (3)利用12对EST-SSR、SSR引物分别对12份抗寒与寒敏感狗牙根进行扩增，共扩增出多态性条带38、44条，多态性条带比例为97.43％、95.65％;亲缘关系分析表明，狗牙根材料遗传相似系数分别在0.4858～0.9487、0.4855～1.000之间，两类标记分别在遗传相似系数为0.4858和0.4855处，能将抗寒与寒敏感狗牙根区分开并聚为两类;SSR标记的聚类结果更符合地理分布规律。 (4)利用6对EST-SSR、6对SSR引物构建12份狗牙根的数字指纹图谱。其中EST-SSR引物ES293862、ES298174、ES306865， SSR引物CDE451-CDE452、CDE337-CDE338、CDE955-CDE956可将抗寒及寒敏感狗牙根区分开。EST-SSR引物组合ES295349+ES293862、ES295349+ES298174、ES302010+ES295349，SSR引物组合CDE555-CDE556和CDE451-CDE452能将12份材料区分开。 (5)利用与狗牙根抗寒性相关的EST-SSR标记在抗寒及敏寒基因池进行PCR扩增，对差异片段进行回收。共收集32个差异片段，经扩增有产物的为29个，回收率为90.6％，最终获得了13条差异片段的序列。经过Blastn检索，片段ES298174-2(137bp)与玉米的低温诱导蛋白基因6A(LTI6A)同源性为78.7％，与狼尾草经低温与盐诱导的mRNA片段有93％的同源性。