纤毛虫原生动物是单细胞真核生物的一大类群,属于真核生物中囊泡虫总门(Alveolata)下的纤毛门(Ciliophora)。这一大类群广泛分布于世界各个海域,仅个别种受制于环境因子的制约。因为纤毛虫两种核型差异巨大(司营养功能的大核以及司生殖功能的小核)、特化的接合生殖以及高度特化的细胞器结构(纤毛,皮膜等)特征,加上其个体微小、结构简单、易于培养等优点,目前在细胞生物学、分子生物学和分子系统学等学科中应用广泛,而且对于生命的起源与进化等方向的研究具有十分重要的示范意义。　　由于纤毛虫具的生活史较为复杂,多样性又极其丰富,其形态分类学和分子系统学的研究至今仍然存在着一定程度上的混乱。因为传统条件的限制以及目前所测序的纤毛虫的种类和基因都比较有限,使得大量类群的系统位置或者亲缘关系仍然存在混乱,给后续研究带来了不少困难。本工作于2011-2013年间,采集了多种钩刺亚纲和前口纲毛虫,通过多基因(核糖体小亚基基因SSU rRNA,核糖体大亚基基因LSU rRNA,内转录间隔区基因ITS1-5.8S-ITS2)测序,增加物种数目/种群等手段,补充了31条钩刺亚纲和前口纲纤毛虫的序列,进行了相关物种的分子系统学研究。本工作首次完成了对于钩刺亚纲和前口纲内系统地位不明确的纤毛虫属种之间的分子系统学分析,并对其依据形态分类学上的混乱及若干疑点进行了澄清和厘定,同时又填补了GenBank数据库中这两大类群的大量空白:对分类学地位存疑的Plagiopogon和Askenasia属进行了分析和探讨,更倾向于支持二者属于前口纲的结论;讨论了分子新属Helicoprorodon的系统学地位,为国际上首次报道;新增加了钩刺亚纲纤毛虫的23条多基因序列,探讨了该亚纲内部各个种之间的系统发生关系;对前口纲纤毛虫整体和内部的系统地位进行了初步探讨。本工作总共涉及2个纲(亚纲)、2个目内的10个科-属、13种(19种群)的多基因信息。