国立科研院所在我国国家科学技术体系中具有基础性、战略性、先导性地位和作用，是国家创新体系的重要组成部分。建国后特别是改革开放以来，以行政手段为主配置科研资源、主导科研管理的“行政化”体制，推动了我国国立科研院所的快速发展。但与此同时，科研院所管理中的过度行政化、“官本位”倾向，也不可避免地带来科研投入与产出不匹配、科研人员创新动力和能力不足、科研成果转化应用效率低等一系列问题，日趋成为制约科研院所发展的“瓶颈”乃至“枷锁”。为此，借鉴国外科研机构治理的成功经验，改革行政化管理模式，探索建立现代治理机制，提高创新绩效水平，已成为我国国立科研院所的必然选择。本文通过文献分析、国际比较、内外部环境分析、现状评价、治理模式设计和人工智能仿真等方法，对去行政化背景下我国科研院所治理的若干重要问题进行了研究，并根据研究成果提出科学合理的策略建议。　　首先，本文对科研院所治理的理论与研究现状进行了系统梳理与综述，总的来看，目前对去行政化背景下国立科研院所治理的研究还比较缺乏，在数据稀缺的情况下，大多数研究主要基于科研院所的治理模式、薪酬制度、人力资源管理、经费管理和评价制度等方面的实践探索，缺乏系统的理论和实证研究。其次，本文对国外国立科研院所的治理案例进行了分析和比较，总结了不同类型治理模式的特征、优缺点和在不同环境下的适用性，为我国国立科研院所治理提供借鉴。第三，本文从政治、经济改革两个角度分析了我国国立科研院所治理改革的外部环境，从治理结构、人事管理、经费管理、绩效评价和收入分配等五个方面探讨了科研院所治理改革的内部动因，并从理论上提出相关建议。第四，本文按照经济绩效与创新绩效并重的导向，设计了新的科研院所绩效评价指标体系，并对某科研院所的绩效进行了评价分析。第五，本文基于“去行政化”背景，提出了我国国立科研院所新的治理结构，并对新的治理结构的效果进行了分析，同时对我国国立科研院所的激励机制进行了研究。最后，本文基于Mutil-Agent模型，探索构建了多主体仿真复杂系统，定量研究和分析了“去行政化”对我国国立科研院所未来发展和创新绩效的影响。　　通过深入研究与分析，本文得到以下主要结论:1）我国国立科研院所去除“行政化”体制、探索完善治理机制，既是必要的，也是可行的。要把握当前政治、经济等改革形势和要求，立足于解决目前人事、经费、薪酬等方面存在的突出问题，既积极又稳妥地推进治理改革。在“去行政化”过程中，可以结合实际情况，借鉴参考国外发达国家国立科研院所的治理模式。2）针对我国国立科研院所绩效评价机制存在的不足，从治理改革的视角探索建立新的绩效评价指标体系，并运用综合模糊评价法对某科研院所的绩效水平进行了评价研究，通过建立评价模型、调研收集数据、进行推导分析，显示该科研院所的整体绩效处于一般水平，还存在较大的提升空间。3）基于两权分离理论、委托代理理论和利益相关者理论等科研院所治理理论，在综合分析的基本上，提出了“去行政化”背景下我国国立科研院所新的治理结构，并引入了含有监督和惩罚行为的委托代理模型来进行推理验证，从理论上证明新的治理结构的委托人效用明显优于现有结构。4）运用人工智能仿真模型，建立包含科研院所、科研人员等多个主体的复杂自适应系统，研究了我国国立科研院所“去行政化”对创新绩效的影响，这是对科研院所“去行政化”定量研究的重要尝试。结果表明，“去行政化”后政府对科研院所的资助额度更低，技术创新成果、科研人员规模和人才培养数量等大幅增加，技术成果转化率显著提升，说明我国国立科研院所“去行政化”大有可为。