缺血性脑卒中是严重危害人类生命的中枢神经系统疾病。临床应用重组组织型纤溶酶原激活剂静脉溶栓治疗,但其溶栓时间窗短（4.5 h）,应用受限。因此,寻找新的治疗靶点及安全有效的药物显得尤为迫切。中药川芎与葛根配伍治疗脑血管疾病历史悠久,但作用机制未明。本研究建立大鼠右侧大脑中动脉栓塞模型考察两药配伍治疗缺血性脑卒中的药效,并采用16S rRNA测序技术、抗生素干预及粪菌移植等手段从肠道菌群修复肠黏膜屏障和血脑屏障层面研究川芎与葛根配伍治疗缺血性脑卒中的机制。结果表明,缺血性脑卒中时脑部可见明显梗死灶,脑神经功能和血脑屏障受损;与此同时,肠道菌群紊乱,肠内致病菌和条件致病菌的种类和数量显著升高（EscherichiaShigella、Enterococcus、Klebsiella等）;此外,卒中可引起短链脂肪酸含量降低,肠通透性增加而导致血清中二胺氧化酶、脂多糖和D-乳酸显著增高,肠黏膜屏障被破坏。采用川芎与葛根配伍治疗后可显著降低脑梗死率,快速恢复神经功能,同时显著降低血栓形成的风险。而且,两药配伍可明显改善由脑卒中所致的肠菌紊乱,显著增加肠内益生菌的种类和数量,明显上调肠黏膜上皮和脑血管内皮紧密连接蛋白Claudin-5、ZO-1,显著降低肠通透性;此外,川芎与葛根配伍可明显富集Akkermansia、Alloprevotella、Megasphaera等有益菌,增加肠内丁酸含量,通过修复肠黏膜屏障和血脑屏障从而治疗缺血性脑卒中。综上,川芎与葛根配伍可通过重塑肠道菌群以调控短链脂肪酸及修复肠-脑屏障起到治疗缺血性脑卒中的作用。本研究从药效学、肠道微生态以及肠-脑屏障层面阐明了川芎与葛根配伍治疗缺血性脑卒中的作用机制,为缺血性脑卒中提供潜在的治疗靶点,也为中药川芎与葛根配伍治疗脑血管疾病提供依据。