连接酶链式反应均相检测单核苷酸多态性

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连接酶链式反应(LCR)为核酸扩增提供了一个简单、灵敏和高选择性的检测平台。但是由于LCR反应产物通常需要凝胶电泳分离或者异相分析方法检测,大大限制了其被广泛应用。本论文研究了一种新型的均相LCR检测的新方法。该方法利用LCR扩增和阳离子共轭聚合物(CCPs)作为指示剂均相检测单核苷酸多态性(SNP)。方法中,我们设计了两对与靶序列互补的探针,每一对探针中包含有两条毗邻的探针,其中一个探针的3’末端硫代修饰,另一个探针的5’末端标记荧光素。当LCR反应完成后,两条相邻的探针连接成一条DNA链。这条DNA链的5’末端标记荧光,3’末端为硫代修饰。由于核酸外切酶对硫代修饰碱基无作用,因此,在LCR产物中加入外切酶Ⅰ和外切酶Ⅲ后,LCR产物不会被降解。当加入阳离子共轭聚合物后,CCP和DNA通过强的静电引力结合,可发生高效的荧光共振能量转移。相对照,如靶序列与设计探针有一个碱基错配,在高特异性DNA连接酶作用下,不会发生LCR反应。溶液中没有被连接的荧光标记的DNA链会被外切酶Ⅰ和外切酶Ⅲ降解成单核苷酸,由于荧光标记的单核苷酸和CCP之间的静电引力很弱,不能发生有效的荧光共振能量转移。因此,应用LCR扩增和CCP做指示剂可实现SNP的均相检测。方法可以灵敏检测1fM的DNA分子,可以实现1%等位基因突变频率的检测。这种方法扩展了LCR反应的应用,提供了一种新的均相检测SNP的方法。
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