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白血病是一种复杂的、以庞杂的基因水平异常为特征的疾病。有关白血病特异性基因的研究有助于我们了解该病的复杂机制及其多态性。现有的诊断和预后分类法仍不足以反映白血病的异质性。新近有关人类基因组研究以及高通量的基因芯片技术的发展,使我们有可能最终揭示恶性疾病的复杂的分子机制。疾病基因组分析能够揭示本病复杂的转录水平异常所导致的基本的生物学改变。例如,特异性刺激反应产生的细胞信号转导以及细胞增殖、分化及凋亡改变。自从1999年将基因芯片技术应用于急性白血病分型以来,越来越多的资料提示,虽然白血病发生发展过程中累积异常基因群可能十分庞大,但是起关键的,核心作用的基因数量有限。从庞杂的基因群体中筛选影响白血病发生发展的主要基因,有的放矢地进行药物筛选和设计,将有可能得到事半功倍的效果。基因芯片技术作为一种高通量、快速、平行的基因表达信息监测和分析技术,对于研究白血病发病机理及基因分型是一个很好的方法。 本研究利用寡聚核苷酸基因芯片技术,初步筛选和鉴定出急性白血病相关基因,并对于急性白血病的基因分型诊断进行了有益的探讨。白血病相关基因的筛选基于以下两种设计比照:1.急性白血病患者与其有高度遗传关联的兄弟姐妹供者的差异比照;2.AML与ALL基因表达谱的差异比照。1、应用寡聚核苷酸芯片检测白血病与其同胞供者的白血病相关基因表达差异 目的 应用寡聚核苷酸基因表达谱芯片研究9对白血病患者/同胞供受者对之间的基因表达谱差异以识别主要的疾病相关基因。方法 将163条白血病/肿瘤发病相关基因组群列入芯片设计;合成寡聚核苷酸探针,用点样仪点片制成基因芯片。提取病初白血病患者及其相对应的健康同胞供者经G-CSF动员后经CS-3000细胞分离机采集的浓集的9份外周血造血干细胞总RNA,分别逆转录并进行寡聚核苷酸芯片杂交。结果 与其相应的正常供者配对比较,发现4中文摘要 例外L患者中存在6条显著差异表达基因:其中上调表达基因5条仅已打卜1, T-cellleukemia/lylllphoma IA,Cbp/p300,0P18),下调表达1条(he。atopoetic 9””上的g好闲nc。repr。tei巾;5例见卜M和巩卜MS患者中亦存在7条显著 差异表达基因:上调表达 6条(STATSB fig。ld p62 for th6 L。k SHZ,CST3, LTC4S,。veloid leukemia factor 2,enb72),下调表达1条(CCRS)。结论 选 择有高度遗传关联的兄弟姐妹供受者对作为差异研究比照对象,利用寡聚核着 酸基因芯片技术进行疾病基因的筛查,筛查出了13条基因表达上调或下调的 主要异常基因;进一步确认了上述基因在白血病分子发病机制中的关键性作 用。 2.急性白血病的分类及初步基因分型探讨 目的ALL与AML的鉴别诊断是化疗成功的关键。虽然目前基于细胞形 态学、组织化学、免疫表型以及细胞遗传学分析的白血病诊断分型方法业己建 立,但还远不足以全面反映临床白血病各亚型之间的异质性。基因组分析已成 为目前白血病分型、诊断的重要指标。方法本研究利用寡聚核着酸芯片技术 检测16例急性白血病样本;根据样本的基因表达谱数据进行初步分类预测及分 型研究。采用生物信息学方法(1)Tclass系统对AML和ALL样本进行分类精度 评估。(2)利用系统性聚类的方法分析16例急性白血病样本之间分子水平的 相似性。结果 通过对外L和A见的分类预测研究,发现基因XM-005707、 HUMMLCISA、NM-002524、HU’MBPIGE、HSMYHllFP在分类预测中有很高的分类精 确度,可以作为ALL和AML的分类预测因子。通过以变异系数(CV)为基础的 特征性基因选择,鉴定出了6个特征性基因:AF049498、HSDOCKP、AF202996、 HSA243995、HSU46751、HSWNCP,它们在急性白血病的初步基因分型中具有十 分重要的贡献。结论(二)通过生物信息学交叉有效性分析表明:寡聚核着酸 芯片技术能够基于少数几个基因表达谱聚类结果对于急性白血病样本来进行 精确的AML/ALL分类;o)系统聚类分析能够根据疾病的基因表达谱特征进行 聚类。其分型诊断与以往传统的分型结果呈现高度一致性。(3)与以往分类不 尽相同的是,寡聚核着酸芯片技术通过基因表达谱聚类分析能够发现更多的个 体特异性的基因异常。寡聚核着酸芯片技术作为继传统的细胞学、组化染色、 免疫学和遗传学分型以后所发展的重要的分子生物学研究技术可应用于急性 4中文摘要 白血病基因的进一步精细分类研究。