国内高等院校在经过最近几年的快速发展期之后,科研学术成果收获颇丰,学术环境得到很大程度的改善,科研人才专业技术能力不断提高,国家对高校科研经费的投入水平也在不断加大,高校科研管理工作逐步规范。但是,在实际落实中还存在各种问题,为调动科研人员的科研积极性,提高科研经费的使用效益,有必要对文件和问题进行梳理,对现行的管理模式进行分析和优化,提高科研经费的管理水平。开展对高校科研经费管理模式的研究分析工作能够进一步加强科研经费管理模式的改革创新、优化升级,使高校科研经费管理工作更加标准化、规范化,还可以逐步促进科研经费价值最大化,保障高校技术创新能力不断提升,促进高校综合实力不断增强。本文在运用了激励公平理论、预算理论,借鉴了国外高校科研经费管理经验的基础上,又运用了比较研究、文献研究、数据研究、调查访谈等方法,论述北京市属高校科研经费管理模式存在的问题,并针对问题进行深入的研究分析,提出完善课题制科研经费管理模式和定额拨款管理模式的建议,并且在遵循高校科研经费管理目标和原则的前提下,提出试行后补贴+奖励的新模式,从而提高高校科研经费的使用效率,使其产生更大的社会效益和经济效益。