有效的内部控制可以减少会计信息的错报，并能抑制管理层对会计信息的肆意操作，从而提高财务报告质量。随着2008年《企业内部控制基本规范》及2010年《企业内部控制配套指引》的相继出台，内部控制的建设与完善越来越受到关注与重视。审计意见是注册会计师对被审计单位财务报告的真实性、合法性、公允性发表的意见，它是投资者及利益相关者进行决策时考虑的重要事项。在现代审计模式下，内部控制是注册会计师在审计时考虑的重要事项，其有效性会对注册会计师面临的审计风险和审计成本产生重要影响，而审计意见类型又主要取决于审计风险和审计成本，那么内部控制的有效性是否会对注册会计师出具的审计意见产生影响呢？二者又具有怎样的关系呢？由于可获取数据的限制，目前我国学者对这方面进行实证研究的文献比较少。随着我国上市公司内部控制准则的不断完善，上市公司内部控制的相关信息越来越多的披露了出来，这就为从实证角度研究内部控制有效性对审计意见的影响提供了有效的数据。通过研究内部控制有效性对审计意见的影响不但可以促进上市公司加强内部控制的建设，完善上市公司治理结构，而且还可以促进注册会计师发表恰当的审计意见，提高审计质量，降低审计风险。为了研究上市公司内部控制有效性对审计意见的影响，本文在总结国内外现有文献的基础上，介绍了内部控制有效性的涵义、影响因素及如何度量；并从理论上介绍了内部控制有效性对审计意见影响的理论基础及内部控制有效性对审计意见的影响。在进行实证研究时，选取了2009-2011年深市主板A股上市公司作为研究样本，通过描述性统计分析、相关性分析及二元Logistic回归模型对样本进行检验。结果显示：内部控制总体有效性与非清洁审计意见显著负相关；风险评估要素有效性、控制活动要素有效性与非清洁审计意见显著负相关；控制环境要素有效性、信息与沟通要素有效性及监督要素有效性与非清洁审计意见不存在显著的负相关性。最后，根据实证研究结果，对完善上市公司内部控制提出了一些建议。