拟平鳅(Liniparhomaloptera disparis disparis)与琼中拟平鳅(Liniparhomaloptera disparis qiongzhongensis)隶属于鲤形目(Cypriniformes)，平鳍鳅科(Homalopteridae)腹吸鳅亚科(Gastromyzonidae)，拟平鳅属(Liniparhomaloptera Fang，1935)，是华南西部沿海地区特有的初级淡水鱼类，喜栖息于山涧溪流中，拟平鳅的两个亚种的形态极为相似，其分布和分类的问题仍有待深入的研究。 本文对采自华南西部沿海地区的12条水系(包括广西的峒中河、北仑河、防城河和南流江，珠江的支流北流河和东江，广东鉴江、漠阳江和潭江，海南的南渡江、万泉河、昌化江)的拟平鳅样品，进行了线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因全序列和控制区(D-1oop)部分序列的测定分析，并结合形态测量学统计分析对拟平鳅的种群变异与亲缘生物地理进行研究。通过研究，我们得出了以下结论： 1.获得来自12条水系83尾拟平鳅的Cytb基因全序列，全长1140bp，分为46个单倍型，单倍型多样性h为0.971，核苷酸多样性π为0.07409；87尾拟平鳅的D-1oop部分序列长度为477bp，分为19个单倍型，单倍型多样性为0.929，核苷酸多样性π为0.03630。表现出丰富的遗传多样性。 2.基于Cytb基因、D-1oop部分序列的系统进化树分析，华南西部沿海地区拟平鳅聚合成三支(Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ)：Ⅰ分支由广西沿海地区独立水系(峒中河、北仑河、防城河和南流江)和海南岛昌化江种群组成；Ⅱ分支由广东西部沿海独立水系(潭江、漠阳江、鉴江)和珠江水系(东江、西江支流北流河)的种群组成；而海南岛的万泉河和南渡江种群聚合成分支Ⅲ。结果显示，海南岛昌化江与广西沿海独立水系的关系非常密切；广西沿海独立水系与海南岛的万泉河和南渡江的种群之间的分化程度高于其与广东西部沿海独立水系及珠江水系的种群之间的分化程度。 3.基于Cytb基因的遗传变异中，分支Ⅰ与Ⅱ之间的变异率平均值为10.94％，分支Ⅰ与Ⅲ之间的平均变异率为12.41％，分支Ⅱ与Ⅲ之间的平均变异率为11.97％，拟平鳅的三个支系间具有很高的遗传差异，但各分支内的遗传差异都远小于各分支间的遗传差异；基于D-1oop序列的研究也得到相似的结果。结果表明，华南西部沿海和海南岛的拟平鳅已分化成3个在遗传上相互独立的群，达到了亚种级的分化水平。 4.基于Cytb基因和D-loop部分序列的嵌套进化枝分析显示，拟平鳅可能起源于防城河所在的广西和越南交界地区，并通过两条途径扩散：1)通过西江水系向东江和广东西部沿海独立水系扩散；2)分别向海南岛的不同水系扩散。在演化过程中，曾多次经历片断化事件。 5.测量12条水系217尾拟平鳅的18个形态性状，并进行主成分分析。结果显示，前3个主成分可将拟平鳅12个种群大致分为3群，群一是广西沿海独立入海水系的种群(包括峒中河、北仑河、防城河、南流江的4个群体)；群二是广东沿海独立入海水系和珠江水系的种群(包括鉴江、漠阳江和潭江、北流河及东江)；群三是海南岛诸水系的种群(包括万泉河、南渡河和昌化江)。由于生活习性及栖息环境的原因，其身体的某些形态性状诸如个体大小、头部特征、鳍基等已经发生了一定程度的分化。形态性状的主成分分析与mtDNA的分子变异分析所得结果基本一致，这也进一步说明了华南西部沿海地区和海南岛的拟平鳅在分子和形态上都已经产生了分化。